论坛 › 生命科学类项目 › [POEM@HOME] CASP 目标 T531 的结果公布

霊烏路空 发表于 2010-6-9 10:17:55

[POEM@HOME] CASP 目标 T531 的结果公布

http://www.equn.com/forum/redirect.php?goto=findpost&ptid=27327&pid=364080

目标 T531 的模型结果现在可以在结果报告页面查看：http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage

感谢大家的支持！

霊烏路空 发表于 2010-6-9 10:18:42

This page will contain information about the ongoing CASP9 effort on POEM@HOME. The first hard target was T0531. For this target no good template structures could be found. After initial fragment model generations, we submitted the structures for structure building and rating to POEM@HOME, where we found 3 dominant folds.

The first fold is energetically most stable (and therefore usually the one we pick). It is a long extended beta sheet with many many hydrogen bonds stabilizing between the sheets.

http://boinc.fzk.de/userdocs/research/resultpage/casp9/best_energy.png
Best raw energy structure for target T531


Usually when we discover a structure as stable as this one, we submit it immediately. This time however, we noticed that the disulfide bridges are unpaired (the red sticks, sticking out). Disulfide bridges usually stabilize the protein by a large amount of energy - therefore we also compared this structure with the remaining ones in the population.


http://boinc.fzk.de/userdocs/research/resultpage/casp9/second_best_energy.png
Second best energy structure for Target T531


Obviously in this structure the disulfides are also unpaired, but at least 2 bridges are in the vicinity of each other. The last one is found in a loop allowing for the refolding of this loop.


http://boinc.fzk.de/userdocs/research/resultpage/casp9/best_disulf.png
Structure with all disulfide bridges developable


Finally the population contained a structure where all disulfide bonds can theoretically be linked. We started the simulation from here with an emphasis of disulfide bond generation and submitted the resulting structure. Obviously we cannot say yet if this structure is correct or not, because the final results are not out, but it was one of the most interesting structures to date.

barenboim 发表于 2010-7-15 08:59:48

你能翻译下不？

feynord 发表于 2010-7-30 10:59:48

本帖最后由 feynord 于 2010-7-30 11:43 编辑

本次CASP9竞赛的一个目标是蛋白T0531。由于找不到和它相似的蛋白做模板，搭建它的结构很难。我们首先生成了初步的结构片段，然后利用POEM@HOME进行结构搭建及评价，最后发现了三种可能的结构：

第一个结构是能量最稳定的，也是往常我们认为最可能的结构。这是个beta片层结构，其中包含很多稳定的氢键。

http://boinc.fzk.de/userdocs/research/resultpage/casp9/best_energy.png
能量最稳定的结构

通常情况下我们都会选这个能量最稳定的，但是我们发现结构中的三对半胱氨酸没有形成二硫键（见红色部分）。二硫键通常很稳定，因此我们留意了其他结构。

http://boinc.fzk.de/userdocs/research/resultpage/casp9/second_best_energy.png
能量第二稳定的结构

这个结构也没有形成二硫键，但至少有两对半胱氨酸离得很近。剩下的一对半胱氨酸位于一条无规则卷曲（loop）结构上，如果形成二硫键的话会影响这个卷曲的结构。

http://boinc.fzk.de/userdocs/research/resultpage/casp9/best_disulf.png
能形成三对二硫键的结构

最后我们终于找到了一个三对半胱氨酸都可能形成二硫键的结构。我们对这个结构进行了优化，然后提交了这个结构给CASP9。这个是我们觉得最有意思的结构。

译注:至2010年7月29日,T0531还未公布实验结构.

feynord 发表于 2010-7-30 11:37:08

本帖最后由 feynord 于 2010-7-30 11:40 编辑

官方公布了目标T0523的真实结构。在志愿者的帮助下，我们预测得很准确，与真实结构的均方根偏差只有1.162。对比图见下：

http://boinc.fzk.de/userdocs/research/resultpage/casp9/t523_result.png
目标T0523预测结构（红）与实验结构（绿）的叠合图

7月22日更新
CASP快完了，一些实验组已经公布了答案，也包括目标T0566。由于它是个二聚体，一般比较难以预测，因为两个单体之间可以通过改变结构来相互稳定（译注：他们只能根据其中一个单体进行预测）。我们预测得很好，见图。

http://boinc.fzk.de/userdocs/research/resultpage/casp9/T566.png
目标T0566预测结构（红）与实验结构（绿）的叠合图

我们对目标T0537的预测很有意思。在提交之前，我们甚至觉得犯了一个错误，因为我们的结构就不像个蛋白——它像个由一堆beta折叠堆成的长筒，这样排列的二级结构太少见了。结果我们的预测还挺准，见图。

http://boinc.fzk.de/userdocs/research/resultpage/casp9/T537.png
正视图：目标T0566预测结构（红）与实验结构（绿）的叠合图

http://boinc.fzk.de/userdocs/research/resultpage/casp9/T537_right.png
侧视图：目标T0566预测结构（红）与实验结构（绿）的叠合图

barenboim 发表于 2010-8-10 16:59:01

从图形上看，一些复杂的结构相差还是很远啊！

feynord 发表于 2010-8-11 09:16:44

项目方给出来的结果已经属于预测得比较好的了,呵呵
所以还有很大提高余地.

查看完整版本: [POEM@HOME] CASP 目标 T531 的结果公布