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楼主: mooncocoon

[分享] 大型科普活动——今天你的FAH在干什么~?

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发表于 2009-1-11 16:45:13 | 显示全部楼层

回复 #30 caozhonghua 的帖子

呵呵,支持兄弟
发表于 2009-1-18 08:23:05 | 显示全部楼层
这贴为什么不置顶呢?
顶一下
头像被屏蔽
 楼主| 发表于 2009-1-18 10:14:33 | 显示全部楼层
更新部分CPU任务段
发表于 2009-1-18 22:29:19 | 显示全部楼层

回复 #33 mooncocoon 的帖子

顶顶顶顶顶
发表于 2009-1-28 18:38:21 | 显示全部楼层
根据普通人的观点找茬了~~
能给出原文链接吗?

话说,这里的专有名词还不是一般的多…………


======================================================

首先,再次感谢诸君挥金如土的为人类做着贡献,诸君不求名利不记报酬的努力定将在人类了解自我以及追求美好幸福的生活的奋斗史中写下浓墨重彩的一笔。借用山口山的广告语——读过史诗~创造过么~?诸君现在的行为,就是在创造人类发展史上最恢弘的史诗~

OK,不酸了……切入正题吧
大家加入FAH的时候抱持着各种公益之心,但对FAH这个项目究竟在干什么并不甚了解,通常的观点是 “我们在帮助研究艾滋” 亦或者“算了这个癌症就有救了”。诚然,从宏观角度来讲这些观点是很正确的。但是我们究竟做了什么?我们每时每刻在运算的分子都是些什么?他们有什么作用?每当被各种怀疑论者以及非主流人群提及此类问题的时候,诸君有没有如鲠在喉的感觉呢?
别慌~科普来了

在这个帖子中,我会尽我所能陆续的将斯坦福目前以及曾经发放出来的任务包/段的作用进行简洁的解释。以利诸君了解到“我们做了什么”以及“我们现在在做什么”。这样不仅能够充实自我陶冶情操,还能够让诸君每时每刻的运算变得更加充实以及富有目的感和使命感,让原本枯燥且无法干预的过程变得有趣,相信这对诸君的持之以恒会有不小的帮助哦~

由于时间和工作量的关系,再加上我不是生物出身,对生化过程的诸多影响仅知皮毛,所以我不可能一次性的把所有任务全部讲解清楚并且讲解正确。这篇帖子注定会出现大量的遗失和谬误,希望诸君能够耐心等待并积极予以补充指导。此贴最好的结果是炸出生化出身的职业高玩前来现身说法,如果目的达到的话希望大家届时不要吝惜对高玩的掌声哦~

好~科普开始~

首先是常见的GPU部分
4700至4799任务段
该任务段为ATI显卡专用任务段,主要任务是模拟绒毛蛋白分子在无特定边界条件下在特定域,如lambda repressor monomer以及WW domain fip35处纯自由展开以及折叠过程情况。
5005至5016任务段
该任务段位NVIDIA显卡专有任务段,主要任务是模拟绒毛蛋白分子在特定温度、酸碱环境以及不同精度参数等边界条件下的折叠活动并构建全域体系的结构函数。
5500至5599任务段
该任务段位NVIDIA显卡专有任务段,主要任务是模拟绒毛蛋白分子在特定温度、酸碱环境以及不同精度参数等边界条件下在特定域,如lambda repressor monomer以及WW domain fip35处纯自由展开以及折叠过程情况。
小结
绒毛蛋白(villin)是一种分子量为95KD的细胞骨架蛋白,正常分布在肠上皮和肾近曲小管上皮。在大多数肿瘤病灶区域组织样本的细胞胞浆中介(国内貌似通译“细胞质基质”,“中介”应该是“中间”吧)会出现绒毛蛋白分子,对此类组织样本进行针对绒毛蛋白分子的免疫组化抗体标定将极大地增加癌症诊断过程的准确率。因此,研究绒毛蛋白分子在特定域的展开和折叠将有助于人类掌握更加有效的免疫抗体表达方式以及标定方式。同时,绒毛蛋白分子的研究对人类了解癌症发病早期的部分起因以及肿瘤的生长过程等问题亦存在帮助。
说简单点——整个47XX任务段以及50XX到52XX、55XX任务段都是在为癌症的早期和精确诊断以及蛋白芯片的相关研究提供着最基础的理论支持和一定得模拟实验依据。


5700至5756任务段
该任务段为公有任务段,著名的毒包聚居地……主要任务是构建螺旋束蛋白ACBP的结构函数,根据不同的构建结果模拟特定边界条件下ACBP的展开过程以及它与特种免疫球蛋白protein L的交互作用
5757至5764任务段
该任务段为公有任务段,著名的小毒包聚居地……主要任务是模拟特定温度下免疫球蛋白protein L的两种结构体——α/βprotein L的展开和折叠动作
小结
毒包就是毒包,毒包自然要有对得起毒包分量的研究对象。
首先是螺旋束蛋白ACBP,又名DBI,是一种广泛分布在生物体中的胞内,螺旋束蛋白ACBP是基辅酶A的载体之一,对于表现有机体的生长过程以及各种生理功能的实现有着重要而基础的意义。通过对肿瘤组织中螺旋束蛋白ACBP的研究工作,我们将了解到肿瘤的形成、生长、分裂、扩散以及转移等不同阶段所表现出来的的特定生物活性以及肿瘤本身位于上述阶段的“生理现象”。简单的说,就是为研究肿瘤形成之后的一切生化活动的过程及其表达提供基础。
其次是protein L,protein L是常见细菌产生的两种结构和功能均不同的免疫球蛋白(immunoglobulin, Ig)结合分子中的一种,在细菌的致病及人体免疫对抗的过程中起着重要作用。之所以选择Protein L的原因我并未参透,个人意见是因为其可与免疫球蛋白的κ轻链结合且不会干扰抗原结合位点,这种特性使得protein L比protein A更加合适被用于癌症的自体免疫系统导向治疗领域的研究。由于对此物不甚了解,所以不敢简单精炼,求高玩解答……
5765至5772任务段
N卡专有任务段,CPU的638/639任务段的扩展项目,主要用于模拟线粒体核糖体蛋白L9在特定温度和酸碱环境为边界条件的折叠和展开动作。同时验证638/639任务段对模型构建的准确性以及效率,同638/639任务段一起为即将到来的SMP2客户端以及后续的核糖体项目进行预研

目前常见的GPU任务段大体上就是这些,还有很多用于模型构建及算法校验的任务段我会在今后慢慢予以补充

接下来是CPU任务段
目前本人接触的CPU任务段不多,04年至今只断断续续的跑过10多个,而且由于时间跨度过大,所以目前仅先列出几个任务段,望得到诸君,尤其是CPU达人(水鬼大~你看什么看~就说你呢~)予以补充
626至631任务段
模拟和构建3种新的绒毛蛋白分子的全背向展开域的动作和结构,如果成功,则会给今后的折叠模拟设计工作带来极大的便利,同时可以提高目前研究工作的运算和进展速度。
634至637任务段
与 Genome@Home 的合作项目任务段,用于协助基因组序列计划的校验和运算,主要工作集中在模拟几个选定的基因组序列计划正在试图模拟折叠以及预测可能产生新功能结构的序列。如果成功,则标志着FAH项目的模拟折叠进入了自动设计结构的时代。
638/639任务段
模拟线粒体核糖体蛋白L9的折叠和展开动作。线粒体核糖体蛋白L9是核糖体结构形成以及翻译DNA表达因子过程中最重要的蛋白质分子之一,通过对线粒体核糖体蛋白L9的研究,我们可以对细胞的形成、细胞功能的分化以及细胞与线粒体之间的相互关系等深层次问题有更加全面细致的了解。(寄生前夜的fans自重~)。目前该任务段的研究工作仅仅是前奏,STU将会在近期对SMP版本的运算程序进行改进和优化,以便大幅增加在核糖体蛋白相关领域的研究资源。个人估计后续任务中STU将会进一步将线粒体核糖体蛋白的范围从L9扩展到S10、S11以及S12部分,这几个分子团在蛋白及肽生物合成、DNA损伤应答与检测以及DNA损伤修复等方面都有着重要的作用。
当然,STU要是没搭理他们可不关我事哦
2000至2053任务段
模拟各种不同环境下不同长度的肽链的折叠和长程力关系,基础性研究,对GPU部分的特定性研究起支撑作用。
2600至2699任务段
模拟不同病毒的RNA展开域与被侵宿主细胞核表面特定蛋白进行交互折叠作用的过程。通常情况下病毒在侵入宿主细胞之后需要与细胞核表面的蛋白发生接触并进行各种折叠动作,然后才能在宿主细胞的细胞核上打开“通道”,将自己的RNA注入其中并开始复制活动,研究各类病毒的RNA展开域的动作对人类研究病毒及病毒感染的病理过程具有极其重要且深远的意义。前一阵HIV病毒RNA展开域与T细胞核表面交互作用的成功模拟以及艾滋病感染过程研究取得的突破就是该任务段的杰作。
3000至3099任务段
程序教研和改进任务。通过绒毛蛋白分子的lambda repressor monomer以及多肽BBA5等在不同环境下的极快速折叠来校验和修正SMP客户端
3123至3154任务段
模拟鸡绒毛蛋白分子的HP-35末端子的展开动作。鸡绒毛蛋白分子的HP-35末端子是已知的最小的自然形成的多肽折叠球状结构,它一个简单的三螺旋束结构并且拥有一个小疏水核心。由于长期以来寻找蛋白质分子超高速折叠以及突变甚至折叠损伤的诱因以及了解其高速折叠过程的研究进展缓慢,如果能够通过模拟确定其在发生不可逆折叠损伤/变性之前可以承受的最高速折叠的速度界限,那无论是对研究绒毛蛋白分子的自然与非自然折叠所产生的影响还是对运算程序和模型建立过程的改进都有着重大意义。该任务段已经使得斯坦福和美国国立卫生研究院成功实现了700ns的高速折叠过程,并使得斯坦福在观察高速折叠中自然与非自然突变发生的情况以及整体折叠模拟的进展速度提高了将近10倍


CPU部分的任务比较复杂,需要比较长的时间进行消化,所以我会慢慢的补充完善

[ 本帖最后由 老冬腌菜 于 2009-1-28 10:42 编辑 ]

评分

参与人数 1基本分 +8 收起 理由
Julian_Yuen + 8 翻译区比北京还欢迎你:)

查看全部评分

头像被屏蔽
 楼主| 发表于 2009-1-28 23:29:35 | 显示全部楼层
每一个任务的内容基本上斯坦福都有说明,就在官方网站上
发表于 2009-1-30 09:52:52 | 显示全部楼层

回复 #36 mooncocoon 的帖子

1、貌似35楼兄弟找出了毒虫翻译的个别不贴切之处
2、毒虫兄弟看看官网是否有更新内容
3、等超级版主来了,建议把你这帖子加到新手指南帖子里面,我们都不够权限
发表于 2009-2-1 03:34:43 | 显示全部楼层
太强大了····
发表于 2009-2-5 23:37:29 | 显示全部楼层
进来支持一下月亮教主。
发表于 2009-2-17 00:51:48 | 显示全部楼层
哈哈,4850正式加入!一个核心跟显卡跑FAH,另外3个核心跑SETI!
弱弱的问一下,啥是“毒包”?时间很久得分爆D的包吗?
发表于 2009-3-10 10:25:08 | 显示全部楼层
原帖由 nokia5510 于 2009-2-17 00:51 发表
哈哈,4850正式加入!一个核心跟显卡跑FAH,另外3个核心跑SETI!
弱弱的问一下,啥是“毒包”?时间很久得分爆D的包吗?



对 所以有毒哈哈
发表于 2009-4-8 19:49:38 | 显示全部楼层
学习了~挺高深,要时间专研啊~
发表于 2009-11-3 13:20:13 | 显示全部楼层
学习了!看了这篇文章 很多疑问都没了!THX
发表于 2014-5-2 15:50:23 来自手机 | 显示全部楼层
好文章
发表于 2014-5-3 20:15:36 | 显示全部楼层
。。。。在默默跑分
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