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使用64bit Ubuntu Linux 跑SMP Client 简易设置
系统要求：
硬件： 双核 或是 四核处理器 （运行效率更好）;
内存 2G （双核）或是4 G
（四核处理器）
系统： Windows XP （ SP3 ＋ .NET Framework 2.0）
64bit Ubuntu 8.1 Linux 系统构建
1．系统正常运行后，安装VMWare 6.0 （下载地址是 http://www.verycd.com/topics/217382/ ，使用注册器注册后即可。）
*请注意最好是下载 8.1版本的，8.04版本和VMWare一起的稳定性不是最好。
2．镜像下载后，使用Alcohol 120％或是其他虚拟光驱程序加载镜像。
3．进入VMWare，选择 New Virtual Machine，再选择 Typical à Linux à Version选 Ubuntu 64bit à Network Connection 选 “NAT”。
当新虚拟机基本设定好之后，选择“Edit virtual machine settings”，“CD-ROM 设定”为虚拟光驱的盘符，“Processors” 选择 2 CPU，内存大小可以按自己机器的情况来决定，一般1个SMP客户端的话，1G内存差不多。
至此，Virtual Machine的虚拟硬件设定完成。
4．启动Virtual Machine，并安装Ubuntu 8.1 64 bit 操作系统。
具体安装很简单的，按照屏幕的提示即可完成。安装过程大约30分钟左右。Virtual Machine的文件位置不必按缺省的在C盘的My Documents中，而最好是选择保存在最快的硬盘中。
64bit Linux SMP Client 端安装
下载文件后，点击Applications à 附件 à 终端，在终端（Terminal）程序里，按F@H安装指南里的Linux指令行命令完成新建目录及FAH config。（其实Ubuntu操作系统的界面和Xp基本差不多，用鼠标右键小菜单也可以的。）
在FAH SMP config完成之后，就可以在终端内，直接打入“./fah6 -smp -verbosity 9”或是象安装指南中介绍的做一个批处理文件，以便将来每次启动SMP客户端时简单一点。
至此Linux 64bit SMP客户端的安装结束。 如果您想详细了解安装步骤请：
*从近2周的实际使用来看，1台Virtual Machine运行1个SMP客户端时，大概是12－16分钟/%（看WU来定）。 如果是4核CPU的话，可以在再设定一台同样的Virtual Machine（文件可以放在另一个硬盘上，以避免2台Virtual Machine在1个硬盘上读写。）这样的话，基本上1天可以跑完2个1920分的包。即便是2个SMP在跑，4核CPU的使用率应该还是在85%～90％左右，因此还可以在XP下面，再加跑一个GPU客户端，以便充分利用。当然，如果使用的是很好的GPU（每天3500分以上的话），这样的设定也不会增加多少分数。这样的设定，主要还是对有4核CPU但GPU不强的算友有点用处。 ********************************************************************************** Linux SMP 客户端应用进阶 1. 线程调度 由于每个VM在Windows XP操作系统中都有一个单独的线程，因此如果想要增加或是降低某台虚拟机的优先级，就可以在任务管理器中调节。 这个功能对于在GPU Client和Linux SMP Client之间分配CPU时间还是有用的。 2. CPU的VT功能 由于目前的虚拟机必须使用CPU的VT功能，因此想要使用虚拟机的算友需要确认自己的CPU是否有这个功能。具体可以查看Intel的网址： 3. 虚拟机的优势 由于虚拟机在安装完成之后，每台机器就是一个文件夹（一般2-3G）。因此可以方便的COPY到U盘或是活动硬盘中。这样的话，只要在其他机器上安装过VMWare Workstation，只要直接打开这台虚拟机，虚拟机内已经设置的程序就会原样运行，你不再需要在新机器上重装系统及应用程序。 其实Windows XP版本的SMP也可以安装在虚拟机里，这样的话，就不用每台机器为安装SMP Client及设定Denio证书而觉得麻烦了。 4. 注意点 由于Linux SMP Client 线程调度先进，因此算SMP WU时，A1核心只需要1.5到1.7个CPU核心的计算量；A2核心需要1.8-1.9个CPU核心的计算量。但如果在虚拟机上安装Windows 版本的SMP Client，则会占用2个CPU核心的计算量。（Windows SMP 直接在XP系统中使用的话，哪怕是4核CPU，CPU时间也会被它全部占满，其中1半的运算量是浪费的。 此外，使用2个Linux SMP Client 同时运行的话，对GPU Client的优先级有较大的影响，需要每个GPU WU开始后都要调高Core11的优先级到“高于标准”。否则的话，GPU Client运算时间成倍增加。
5. 虚拟机运行设定
经过近1-2个的运行，我建议的虚拟机运行模式如下：
以4核的CPU来算的话，1个Linux SMP Client + 1 个Windows SMP Client （直接安装在Windows XP系统里）+1个或是2个 GPU Client。
这样的好处是Windows SMP 的优先级比Windows 的GPU Client 优先级低，以保证GPU client 的优先级。同时1个Linux SMP Client可以确保4核中的2核进行高效64bit的Folding。
6. WU的多样性
大家一定也知道Nividia GPU WU 和ATI GPU WU是不同的。其实，这2类WU还仅仅是算法上的不同，研究的内容还是一样的。但SMP Client中的WU也是多种多样的，A1 核心和A2核心的WU就不一样（尽管分数差不多），此外如果机器是单核的话，Linux 版本的单核WU和Windows 下面的单核ＷＵ也不一样。
不同的ＷＵ代表不同的研究项目，也就是对不同的疾病研究都会有所帮助。因此计算多样化的ＷＵ对蛋白质研究还是很有意思，不是分数才有意思，是帮助研究项目才是我们最终的目的。
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[ 本帖最后由 金鹏 于 2009-5-8 22:31 编辑 ] | 
发表于 2009-3-1 07:47:14
发表于 2009-3-1 10:21:12
