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使用64bit Ubuntu Linux 跑SMP Client 简易设置

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发表于 2009-3-1 07:47:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
使用64bit Ubuntu Linux 跑SMP Client 简易设置


系统要求:

硬件: 双核 或是 四核处理器 (运行效率更好);
内存 2G (双核)或是4 G
(四核处理器)

系统: Windows XP ( SP3 + .NET Framework 2.0)

64bit Ubuntu 8.1 Linux 系统构建

1.系统正常运行后,安装VMWare 6.0 (下载地址是
http://www.verycd.com/topics/217382/ ,使用注册器注册后即可。)

Unbuntu 8.1 64bit 操作系统安装光盘的镜像下载:http://www.ubuntu.com/getubuntu/download


*请注意最好是下载 8.1版本的,8.04版本和VMWare一起的稳定性不是最好。

2.镜像下载后,使用Alcohol 120%或是其他虚拟光驱程序加载镜像。

3.进入VMWare,选择 New Virtual Machine,再选择 Typical à Linux à Version选 Ubuntu 64bit à Network Connection 选 “NAT”。

当新虚拟机基本设定好之后,选择“Edit virtual machine settings”,“CD-ROM 设定”为虚拟光驱的盘符,“Processors” 选择 2 CPU,内存大小可以按自己机器的情况来决定,一般1个SMP客户端的话,1G内存差不多。

至此,Virtual Machine的虚拟硬件设定完成。

4.启动Virtual Machine,并安装Ubuntu 8.1 64 bit 操作系统。

具体安装很简单的,按照屏幕的提示即可完成。安装过程大约30分钟左右。Virtual Machine的文件位置不必按缺省的在C盘的My Documents中,而最好是选择保存在最快的硬盘中。

64bit Linux SMP Client 端安装

这个客户端可在Folding at Home的网站中下载。版本选6.24 Beta。Linux SMP客户端文件很少,只有2个文件。具体安装可参照(http://folding.stanford.edu/English/LinSMPGuide),但没有XP中安装Deino或MPI那么麻烦。


下载文件后,点击Applications à 附件 à 终端,在终端(Terminal)程序里,按F@H安装指南里的Linux指令行命令完成新建目录及FAH config。(其实Ubuntu操作系统的界面和Xp基本差不多,用鼠标右键小菜单也可以的。)

在FAH SMP config完成之后,就可以在终端内,直接打入“./fah6 -smp -verbosity 9”或是象安装指南中介绍的做一个批处理文件,以便将来每次启动SMP客户端时简单一点。


至此Linux 64bit SMP客户端的安装结束。
如果您想详细了解安装步骤请:
点击下面链接查看64bit Linux SMP Client 端详细安装图解(由shouldbe兄弟完善)
http://www.equn.com/forum/viewthread.php?tid=20982&page=5#pid288130


*从近2周的实际使用来看,1台Virtual Machine运行1个SMP客户端时,大概是12-16分钟/%(看WU来定)。 如果是4核CPU的话,可以在再设定一台同样的Virtual Machine(文件可以放在另一个硬盘上,以避免2台Virtual Machine在1个硬盘上读写。)这样的话,基本上1天可以跑完2个1920分的包。即便是2个SMP在跑,4核CPU的使用率应该还是在85%~90%左右,因此还可以在XP下面,再加跑一个GPU客户端,以便充分利用。当然,如果使用的是很好的GPU(每天3500分以上的话),这样的设定也不会增加多少分数。这样的设定,主要还是对有4核CPU但GPU不强的算友有点用处。
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Linux SMP 客户端应用进阶
1. 线程调度
由于每个VM在Windows XP操作系统中都有一个单独的线程,因此如果想要增加或是降低某台虚拟机的优先级,就可以在任务管理器中调节。
这个功能对于在GPU Client和Linux SMP Client之间分配CPU时间还是有用的。
2. CPU的VT功能
由于目前的虚拟机必须使用CPU的VT功能,因此想要使用虚拟机的算友需要确认自己的CPU是否有这个功能。具体可以查看Intel的网址:
3. 虚拟机的优势
由于虚拟机在安装完成之后,每台机器就是一个文件夹(一般2-3G)。因此可以方便的COPY到U盘或是活动硬盘中。这样的话,只要在其他机器上安装过VMWare Workstation,只要直接打开这台虚拟机,虚拟机内已经设置的程序就会原样运行,你不再需要在新机器上重装系统及应用程序。
其实Windows XP版本的SMP也可以安装在虚拟机里,这样的话,就不用每台机器为安装SMP Client及设定Denio证书而觉得麻烦了。
4. 注意点
由于Linux SMP Client 线程调度先进,因此算SMP WU时,A1核心只需要1.5到1.7个CPU核心的计算量;A2核心需要1.8-1.9个CPU核心的计算量。但如果在虚拟机上安装Windows 版本的SMP Client,则会占用2个CPU核心的计算量。(Windows SMP 直接在XP系统中使用的话,哪怕是4核CPU,CPU时间也会被它全部占满,其中1半的运算量是浪费的。
此外,使用2个Linux SMP Client 同时运行的话,对GPU Client的优先级有较大的影响,需要每个GPU WU开始后都要调高Core11的优先级到“高于标准”。否则的话,GPU Client运算时间成倍增加。

5. 虚拟机运行设定

经过近1-2个的运行,我建议的虚拟机运行模式如下:

以4核的CPU来算的话,1个Linux SMP Client + 1 个Windows SMP Client (直接安装在Windows XP系统里)+1个或是2个 GPU Client。

这样的好处是Windows SMP 的优先级比Windows 的GPU Client 优先级低,以保证GPU client 的优先级。同时1个Linux SMP Client可以确保4核中的2核进行高效64bit的Folding。

6. WU的多样性

大家一定也知道Nividia GPU WU 和ATI GPU WU是不同的。其实,这2类WU还仅仅是算法上的不同,研究的内容还是一样的。但SMP Client中的WU也是多种多样的,A1 核心和A2核心的WU就不一样(尽管分数差不多),此外如果机器是单核的话,Linux 版本的单核WU和Windows 下面的单核WU也不一样。

不同的WU代表不同的研究项目,也就是对不同的疾病研究都会有所帮助。因此计算多样化的WU对蛋白质研究还是很有意思,不是分数才有意思,是帮助研究项目才是我们最终的目的。

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[ 本帖最后由 金鹏 于 2009-5-8 22:31 编辑 ]

评分

参与人数 1基本分 +10 收起 理由
金鹏 + 10 精品文章

查看全部评分

发表于 2009-3-1 10:21:12 | 显示全部楼层
不支持VT的机器无法安装64位虚拟机的吧,我这里是intel,E5200和E7200,都不可以
发表于 2009-3-1 10:39:24 | 显示全部楼层
感谢楼主分享!
发表于 2009-3-1 11:00:32 | 显示全部楼层

回复 #1 maxzong 的帖子

兄弟辛苦了,感谢兄弟写的教程并和兄弟们分享!
发表于 2009-3-1 11:18:17 | 显示全部楼层
原帖由 Julian_Yuen 于 2009-3-1 10:21 发表
不支持VT的机器无法安装64位虚拟机的吧,我这里是intel,E5200和E7200,都不可以



You have configured this virtual machine to use a 64-bit guest operating system.  However, this host is not capable of running 64-bit virtual machines or this virtual machine has 64-bit support disabled.
For more detailed information, see http://vmware.com/info?id=152



E7200+Vista64  安装64b虚拟debian

[ 本帖最后由 Julian_Yuen 于 2009-3-1 11:19 编辑 ]
发表于 2009-3-1 11:46:36 | 显示全部楼层

回复 #5 Julian_Yuen 的帖子

64位系统下不能装64为虚拟?
发表于 2009-3-1 12:00:06 | 显示全部楼层

回复 #6 金鹏 的帖子

嗯,需要CPU支持VT
发表于 2009-3-1 12:03:44 | 显示全部楼层

回复 #7 Julian_Yuen 的帖子

现在的E8X00双核也不支持VT么?
发表于 2009-3-1 12:23:25 | 显示全部楼层

回复 #8 金鹏 的帖子

http://www.grc.com/securable.htm
用这个软件一看就知道支不支持了。


我前一阵子也试过装,但没成功,总提示不支持VT
发表于 2009-3-1 12:43:55 | 显示全部楼层

回复 #9 Julian_Yuen 的帖子

使用CPU-Z查看指令集里支持EM64T是不是就能支持VT了?


未命名.bmp
发表于 2009-3-1 13:00:16 | 显示全部楼层

回复 #10 金鹏 的帖子

intel的话应该是有那个VT-x才可以吧
发表于 2009-3-1 14:20:35 | 显示全部楼层
EM64T是Intel的64位指令集,是64位CPU都默认支持的。装虚拟机需要支持VT-x。
 楼主| 发表于 2009-3-1 14:38:16 | 显示全部楼层
是需要VT的,目前在跑的是E6550和Q6600。
 楼主| 发表于 2009-3-1 14:59:37 | 显示全部楼层
但E8200是有VT的,应该可以的。
发表于 2009-3-1 17:14:44 | 显示全部楼层

回复 #12 cicikml 的帖子;回复 #14 maxzong 的帖子

CPU-Z里怎么看不出支不支持VT?
哪个工具能看出是否支持VT-X?
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