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发表于 2007-6-10 22:56:53
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http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/viewProjectArchives.do
已完成的项目
抗击癌症项目(2006.7.20开始,2007.4结束)
World Community Grid与新泽西癌症研究中心The Cancer Institute of New Jersey、罗格斯大学以及UMDNJ—Robert Wood Johnson医学校将对癌症组织微阵列进行研究,试图更早更有效发现癌症的诊疗方法并改进治疗方法。 more
人类蛋白质组折叠项目-第一阶段
(2004.11.11开始,2006.7.18结束)
这个由World Community Grid支持进行的项目目的在于提高对人类疾病的认识。在对人类蛋白质组的组成蛋白质进行分析后,科学家将能够建立新型有效的治疗方法,促进诸如癌症、艾滋病、非典和疟疾等疾病的研究。 more
此项目相关问题,以及grid.org和worldcommunitygrid.org的合作情况,请前往Human Proteome Folding FAQs查看。.
天花网格研究项目
作为United Devices的首个项目,天花疗法的研究在网格技术的推动下突飞猛进。 more
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http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/archives/hdc/viewHdcOverview.do
抗击癌症项目概述
抗击癌症项目(2006.7.20开始,2007.4结束)
World Community Grid与新泽西癌症研究中心The Cancer Institute of New Jersey、罗格斯大学以及UMDNJ—Robert Wood Johnson医学校将对癌症组织微阵列进行研究,试图更早更有效发现癌症的诊疗方法并改进治疗方法。
点击查看结果数据
点击进入项目论坛. 在论坛中你可以查看由项目合作者与World Community Grid技术小组提供的项目更新情况。
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http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/archives/hdc/viewHdcOriginal.do
抗击癌症项目–原始资料
以下为项目的原始资料链接,包括项目管理运行介绍,项目参与者以及项目常见问题。
点击查看项目概述,这里是更详细专业的项目介
这里是项目参与者名单。
项目常见问题点击这里。
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http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/archives/viewHpfOverview.do
人类蛋白质组折叠项目-第一阶段
人类蛋白质组折叠项目-第一阶段
(2004.11.11开始,2006.7.18结束)
这个由World Community Grid支持进行的项目目的在于提高对人类疾病的认识。在对人类蛋白质组的组成蛋白质进行分析后,科学家将能够建立新型有效的治疗方法,促进诸如癌症、艾滋病、非典和疟疾等疾病的研究。
点击查看结果数据
点击进入项目论坛. 在论坛中你可以查看由项目合作者与World Community Grid技术小组所提供的项目更新情况。
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http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/archives/viewHpfOriginal.do
人类蛋白质组折叠项目-第一阶段原始资料
以下为项目的原始资料链接,包括项目管理运行介绍,项目参与者以及项目常见问题。
点击查看项目概述,这里是更详细专业的项目介绍
这里是项目参与者名单
项目常见问题点击这里.
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项目结果
此页用于公布人类蛋白质组折叠项目第一阶段(HPF1)的研究结果,仅公布项目研究小组提供给World Community Grid的相关信息。
World Community Grid上的HPF1项目从2004年11月开始,一直持续到206年7月。更多信息请点击左侧的原始资料链接。
World Community Grid将为大家提供更多项目的结果信息。我们一得到相关信息就会立即公布在下面。
2007.3.28新增消息:
科学公共图书馆(PLoS)在其发行的生物学报上发表了HPF1的一篇论文,题为"Superfamily Assignments for the Yeast Proteome through Integration of Structure Prediction with the Gene Ontology"。
文章链接:
http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0050076
文章主要内容:
文章主要介绍了World Community Grid将聚集起来的闲置计算能力用在Rosetta软件上的情况,同时前期处理和后期分析过程也一起用于研究整个基因组的蛋白质结构。研究选用酵母作为基准测试,这是因为先前对酵母的研究已经相当多了,所以许多结果能够和前期工作进行对比验证。即便如此,还发现了许多新酵母蛋白预测结构并加以分类,此信息现已作为研究人员的数据库资料。网格技术已证明其具有很高的应用价值。项目的剩余部分蛋白质在结构计算完成后也能够提供研究细胞过程和疾病的宝贵资料。结果也是后续发表文章的主要内容,也将是一个更大数据库的一部分。
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天花网格研究项目
加速新天花疗法的发现步伐
United Devices平台上的天花网格研究项目,由IBM发起主办,另外有其它研究者参与,采用海量分布式计算网格技术的计算化学方法来分析候选药物疗法对天花病毒的治疗效果。
• United Devices (外部网站)
• Grid.org项目参与者 (外部网站)
Combining 计算机上进行的网格计算筛选过程,其内容是3500万的候选药物分子对若干天花蛋白质的作用,用于发展天花治疗手段。
药物研究时间从若干年缩短至几个月
天花网格研究项目作为在当时的最大规模计算项目,把筛选过程的时间压缩了若干年。
项目开始后的最初72个小时,就返回了10万个结果。最后,项目发现了44种有效候选治疗药物。
在此项目的研究基础上,World Community Grid创造了一种技术环境,可以承担公益类研究的开展。
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项目参与者
系统生物学研究所(ISB)是一个国际著名的非盈利性研究机构,主要从事系统生物学的研究和应用。ISB的目标是揭开人类生物学的神秘面纱,探究预测和预防癌症、关节炎和艾滋病等疾病的策略。
ISB为World Community Grid设计了人类蛋白质组折叠项目,同时此项目的结果也将用于以后进行更多的研究。
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人类蛋白质组折叠项目-第一阶段
只是数年之前,科学家们才刚刚完成了人类基因组序列草图的绘制。基因就像是一个魔幻般的信息贮藏柜,对基因的了解只不过是刚起步。正是蛋白质组成了基因并各司其职,维持着人体的全部生命功能。
但人们对大多数人类蛋白质的功能仍不了解。在了解每一种蛋白质对健康的影响情况后,将可以针对人类疾病设计新型疗法。
大量的现有数据可以用来判断单个蛋白质的作用,但还需要分析其是否真正有用。这个分析过程在超级计算机上将耗费数年,World Community Grid将可能把时间削减到数月。
蛋白质是无规则的长链,并折叠成团状。由于蛋白质折叠形态非常多,要想对其进行全面识别,确定每个蛋白质的功能,面临的巨大挑战性不言而喻。
人类蛋白质组折叠项目将把大量预测蛋白质形态数据提供给科学家。这将帮助他们识别人体内蛋白质的生物功能。在了解每一种蛋白质对健康的影响后,将可以针对癌症、艾滋病、非典和疟疾等症设计新型疗法。
访问关于项目网页,可以获得关于蛋白质的通俗介绍,还有对World Community Grid客户端软件进行蛋白质折叠的解释。
ISB为World Community Grid设计了人类蛋白质组折叠项目,同时此项目的结果也将用于以后进行更多的研究。更多项目相关信息请访问系统生物学研究所的网站。
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关于项目
人类蛋白质组折叠项目:新手释疑
蛋白质是生物体所必不可少的,这不仅对人体而且对所有由蛋白质构成的生物体都是毋庸置疑的。
什么是蛋白质?
蛋白质是由称作氨基酸的小分子所组成的长链大分子。组成所有蛋白质的氨基酸只有20种,一般数百个氨基酸才能组成一个蛋白质分子。
由于结构复杂,蛋白质一般不能维持长链结构。当氨基酸组成长链以后,会更紧密的缠在一起,其特定功能会由其特定形态体现出来。
蛋白质的折叠行为是因为不同的氨基酸以特定的规则相结合。想像一下,氨基酸就是20个不同颜色的小珠子。这些小珠子具有一种特别的粘性,即特定的颜色组合才能结合在一起。 因此,氨基酸长链就能以特定方式进行适当的折叠,这样就形成了人体所需的蛋白质。人体细胞具有的一种重要机制不仅能使蛋白质的折叠能够准确完成,而且这种机制还可以解决蛋白质折叠不当问题。
蛋白质和人类基因是怎么发生关系的?
人类全部基因的集合称作“人类基因组”。统计后得知人类基因组包括了超过30,000个基因。每一个基因都是一段DNA长链,它们可以决定这30,000个蛋白质中某一个氨基酸链的构成方式。近年来,科学家已经可以为每一个人类基因绘制序列图谱,也就是说全部的人类蛋白质的氨基酸排列顺序都已经确认。因此,人类基因组和人类蛋白质组,也就是全部的人类蛋白质是直接相关的。
蛋白质隐含的秘密
虽然人们已经从人类蛋白质组中获取了不少信息,但大部分蛋白质的功能却仍然是个迷。基因不能明确说明蛋白质到底是怎么折叠成最终形态的,更关键的是无法得知蛋白质的作用,也不能搞清它和其它蛋白质的联系。
蛋白质就像拼图一样。比如说,肌肉蛋白相互连接组成了肌肉纤维。这样的特定连接方式就是源自其形态以及其它与形态相关的因素。.
体内细胞的每一个活动都摆脱不了蛋白质形态的控制,这样就可以(不会)让蛋白质之间发生连锁反应。例如,病毒蛋白或是细菌的独特结构会破坏细胞膜进而感染细胞本身。.
人类蛋白质组折叠研究
对蛋白质形态的理解将帮助研究人员研究蛋白质是如何实现其特定功能的,同时也可以了解在发病时蛋白质功能受阻导致无法维持细胞健康的原因。
人类蛋白质组折叠研究将集合起来的数百万计算机投入网格中,以助科学家一臂之力。我们所要做的就是以网格为载体,让研究成果较以前能更快的获得。在更深刻的理解了蛋白质结构后,科学家们就可以研究疾病的发病机理,并最终寻找到相应的治疗手段。
在WCG客户端运行的时候,其计算内容就是对一个氨基酸链进行不同方式的折叠,评价特定的折叠规则即氨基酸配对规则控制下的折叠效果。尝试过上百万种折叠方式后,就可以按实际人体中的方式对蛋白质进行折叠,每个蛋白质在找到最合适的形态后都会留给给科学家进行下一步研究。
了解你的客户端界面
先点击客户端界面右下角的 "i" 。
项目程序名称为Rosetta,分数"Rosetta score"用于说明蛋白质折叠的情况是否恰当。程序会根据各种计分规则评估氨基酸的聚集情况,分数越低(越向负方向偏移),折叠情况就越好。
作为一个蛋白质折叠最佳情况的标志,Rosetta score在客户端界面的左侧以"Min"表示。在界面右侧显示的是折叠蛋白质的部分截图。左边另外两个数据表示此前的折叠情况。其中Environment score表示中心部分的聚集情况,Pair score表示特定氨基酸的配对情况。如果某设定折叠情况的分数较差,那么程序将重新尝试另一种折叠方式看能否得到更好的分数。这样的步骤对每个蛋白质都会重复上百万次。科学家将把获得最高得分的蛋白质结构带入下一步的研究。
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项目参与者
Foran博士的实验室所领导的抗击癌症项目只是国家卫生研究所两大项目的一部分。参与研究的人员有:
• David J. Foran,博士,病理学与放射学教授;UMDNJ—罗伯特伍德约翰逊医学校和新泽西癌症研究中心生物医学成像和信息学中心,主任。
• Wenjin Chen,博士;UMDNJ—罗伯特伍德约翰逊医学校和新泽西癌症研究中心生物医学成像和信息学中心,新技术主任助理。
• Michael D. Feldman,医学博士, 病理学与检验医学副教授;宾夕法尼亚大学医疗中心病理信息学科,主任。
• Lauri A. Goodell,医学博士,病理学与检验医学副教授,UMDNJ—罗伯特伍德约翰逊医学校淋巴造血系统疾病科,主任。
• Bonnie Huang Hall,医学博士研究生,UMDNJ—罗伯特伍德约翰逊医学校和新泽西癌症研究中心生物医学成像和信息学中心。
• Manish Parashar,博士,电子及计算机工程教授;罗格斯新泽西州立大学应用软件系统实验室(TASSL),主任。
• Michael Reiss,医学博士,UMDNJ—罗伯特伍德约翰逊医学校医学、遗传学及微生物学教授;新泽西癌症研究中心乳腺癌研究项目转化研究和指导,主任助理。
• Lin Yang,理科硕士,博士研究生,UMDNJ—罗伯特伍德约翰逊医学校和新泽西癌症研究中心生物医学成像和信息学中心。
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项目结果
此页用于公布抗击癌症项目的研究结果,仅公布项目研究小组提供给World Community Grid的相关信息。
World Community Grid上的抗击癌症项目从2006年7月开始,一直持续到2007年4月。更多信息请点击左侧的原始资料链接。
World Community Grid将为大家提供更多项目的结果信息。我们一得到相关信息就会立即公布在下面。
[ 本帖最后由 第三类接触 于 2007-6-11 14:21 编辑 ] |
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