[BOINC] [生命科学类] SiDock@home

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项目名称：SiDock@home
项目网站：https://www.sidock.si/

研究团队：纳塔利娅·尼基蒂娜博士(Dr. Natalia Nikitina)等人，项目团队主要有由俄罗斯“卡累利阿研究中心”与斯洛文尼亚马里博尔大学和卢布尔雅那大学组成。
项目介绍：

SiDock@home 是一个旨在药物发现的国际志愿者计算项目。

在我们的项目中，我们正在寻找配体（ligands）——能够成功与蛋白质靶标结合并调节对病毒生物化学至关重要的特定过程的小分子。基于分子对接，理想的配体应在形状和性质上与目标生物分子的结合位点互补。然而，小分子的互补性只是分子作为药物使用的一个先决条件。

大海捞针是寻找正确分子的最佳例证。由于可能的分子结构的数量，这是一个更加困难的问题。所有可能的分子结构的数量也被称为化学宇宙——这个抽象空间的大小可以估计为10的80次方。这个化学宇宙中有许多星系，其中一个星系是具有潜在的药理活性分子。用于此目的的方法称为虚拟筛选。原则上，我们研究的化学宇宙范围越大，找到冠状病毒潜在治疗方法的可能性就越大。

你可以帮忙处理你的电脑。在 BOINC 的帮助下，您将在计算机上下载化合物的子集，在研究目标的背景下检查化合物，并将结果发送到服务器，在那里收集它们以供以后分析。

项目成果/出版物：https://www.sidock.si/sidock/publications.php

小提示：项目目前倾向于分发长任务，计算时间较长、存盘点较少

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项目当前目标（更新至2024.2）：
我们的第一个任务：抗击 SARS-CoV-2，发现可能对抗 SARS-CoV-2 病毒的药物。它最初是作为 COVID.SI 项目的延伸。

项目未来拟延展到更多工作，详见下文转贴

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为下一个目标投票！｜Vote for the next target!
发表于2024年1月26日

Dear all, we have obtained results for different targets of SARS-CoV-2. The computations continue, and we want to ask your opinion on the next target. You can vote for one of them until February 5th, 2024.
亲爱的大家，我们已经获得了 SARS-CoV-2 不同靶点的结果。 计算仍在继续，我们想征求您对下一个目标的意见。 您可以在 2024 年 2 月 5 日之前为其中一项投票。

SARS-CoV-2 main protease (3CLpro) further studies
This is a crucial therapeutic target against SARS-CoV-2. 3CLpro (cysteine protease; EC 3.4.22.69) in particular is crucial for the cleavage of coronavirus polyproteins to form mature non-structural proteins that are themselves essential for viral replication mechanisms. We still need much more research on this target towards new more potent inhibitors.
SARS-CoV-2主要蛋白酶（3CLpro）进一步研究
这是针对 SARS-CoV-2 的重要治疗靶点。 3CLpro（半胱氨酸蛋白酶；EC 3.4.22.69）对于切割冠状病毒多蛋白形成成熟的非结构蛋白尤其至关重要，而成熟的非结构蛋白本身对于病毒复制机制至关重要。 我们仍然需要对该靶点进行更多研究，以寻找新的更有效的抑制剂。

Ebolavirus glycoprotein (GP)
Ebola virus is a dangerous pathogen to humans and this target could be a perfect study case for PPI-type drug design scenario. The EBOV glycoprotein (GP) is the only virally expressed protein on the virion surface and is critical for attachment to host cells and catalysis of membrane fusion.
埃博拉病毒糖蛋白 (GP)
埃博拉病毒对人类来说是一种危险的病原体，这个目标可能是 PPI 型药物设计方案的完美研究案例。 EBOV 糖蛋白 (GP) 是病毒颗粒表面唯一的病毒表达蛋白，对于附着于宿主细胞和催化膜融合至关重要。

Swine acute diarrhea syndrome coronavirus (SADS-CoV PLpro)
This target would enable us to study the design on multiple related viral targets. Swine acute diarrhea syndrome coronavirus (SADS-CoV), a newly emerging enteric coronavirus, is considered to be associated with swine acute diarrhea syndrome (SADS) which has caused significantly economic losses to the porcine industry. The pathogen indicates towards host-jump potential.
猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV PLpro）
该目标将使我们能够研究多个相关病毒目标的设计。 猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV）是一种新出现的肠道冠状病毒，被认为与给养猪业造成重大经济损失的猪急性腹泻综合征（SADS）有关。 病原体表明有宿主跳跃的潜力。

由于投票已经结束，目前的投票结果如下：
1. SARS-CoV-2 main protease (3CLpro) further studies (133 votes) 37%
2. Ebolavirus glycoprotein (GP) (152 votes) 42%
3. Swine acute diarrhea syndrome coronavirus (SADS-CoV PLpro) (78 votes) 21%
似乎人们更想研究埃博拉


PS. 几位志愿者在讨论区说“I'm really impressed to see that 354 people did vote, this is great !” "Boinc is not dead ! ;)"
“看到 354 人投票，我真的很感动，这太棒了！” “BOINC没有死！;)”

PSS. 截止2024.2.19，现在的研究进度如下（与20个已完成的项目）,详见https://www.sidock.si/sidock/server_status.php

Target 11: corona_Sprot_delta_v1 (%)	42.617
Target 22: corona_RdRp_v2 (%)	70.690