“Proteins@home”的版本间的差异

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| website =http://biology.polytechnique.fr/proteinsathome/
 
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[[Proteins@home]] is a large-scale non-profit protein structure prediction project utilizing distributed computing to perform a lot of computations in a small amount of time. From their website:
 
  
The amino acid sequence of a protein determines its three-dimensional structure, or 'fold'. Conversely, the three-dimensional structure is compatible with a large, but limited set of amino acid sequences. Enumerating the allowed sequences for a given fold is known as the 'inverse protein folding problem'. We are working to solve this problem for a large number of known protein folds (a representative subset: about 1500 folds). The most expensive step is to build a database of energy functions that describe all these structures. For each structure, we consider all possible sequences of amino acids. Surprisingly, this is computationally tractable, because our energy functions are sums over pairs of interactions. Once this is done, we can explore the space of amino acid sequences in a fast and efficient way, and retain the most favorable sequences. This large-scale mapping of protein sequence space will have applications for predicting protein structure and function, for understanding protein evolution, and for designing new proteins. By joining the project, you will help to build the database of energy functions and advance an important area of science with potential biomedical applications.
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[[Proteins@home]] 是一个利用分布式计算在短时间内完成大量计算的大规模非盈利蛋白质结构预测项目。通过他们的网站可以了解:
  
For more information, goto this link: [http://biology.polytechnique.fr/proteinsathome/documentation2.php Project Overview]
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蛋白质的氨基酸序列决定了它的三维结构,或者折叠。相反的,三维结构可以兼容一个(相对)较大但是有限制的氨基酸序列集合。为一个给定的折叠列举允许的序列被称为逆蛋白质折叠问题。我们力图为大量已知蛋白质折叠解决这个问题(一个有代表性的子集:大约1500个折叠)。最昂贵的部分是为能够描述所有这些结构的能量函数建立数据库。对于每一个结构,我们考虑所有可能的氨基酸序列。令人惊奇的是,这在计算上是易进行的,因为我们的能量函数是很多对相互作用的总和。一旦这一步被完成,我们可以以一种更快更有效率的方式探索氨基酸序列空间。这一大规模绘制蛋白质序列空间将在预测蛋白质结构和功能,理解蛋白质演化以及设计新的蛋白质方面有所应用。通过加入这一项目,你可以帮忙建立能量函数的数据库并且通过潜在生物医药应用(帮助)发展科学的一个重要领域。
  
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更多的信息,请点击链接: [http://biology.polytechnique.fr/proteinsathome/documentation2.php 项目总览]。
  
 
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[[category:分布式计算项目]][[category:生命科学类项目]][[category:BOINC 平台上的项目]][[category:Proteins@home]][[category:待翻译]]
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2011年8月12日 (五) 22:53的版本

Proteins@home

Proteins at Home Logo.gif
Proteins@home logo
Proteins@home.jpg
Proteins@home 运行中的图形界面
开发者
版本历史 2006年12月28日
运算平台 Windows.png
项目平台 BOINC
程序情况
任务情况
项目状态 运行中/开放注册
项目类别 生命科学类
优化程序
计算特点 CPU密集:

支持0分享率

支持GPU计算

官方网址 Proteins@home
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Proteins@home 是一个利用分布式计算在短时间内完成大量计算的大规模非盈利蛋白质结构预测项目。通过他们的网站可以了解:

蛋白质的氨基酸序列决定了它的三维结构,或者折叠。相反的,三维结构可以兼容一个(相对)较大但是有限制的氨基酸序列集合。为一个给定的折叠列举允许的序列被称为逆蛋白质折叠问题。我们力图为大量已知蛋白质折叠解决这个问题(一个有代表性的子集:大约1500个折叠)。最昂贵的部分是为能够描述所有这些结构的能量函数建立数据库。对于每一个结构,我们考虑所有可能的氨基酸序列。令人惊奇的是,这在计算上是易进行的,因为我们的能量函数是很多对相互作用的总和。一旦这一步被完成,我们可以以一种更快更有效率的方式探索氨基酸序列空间。这一大规模绘制蛋白质序列空间将在预测蛋白质结构和功能,理解蛋白质演化以及设计新的蛋白质方面有所应用。通过加入这一项目,你可以帮忙建立能量函数的数据库并且通过潜在生物医药应用(帮助)发展科学的一个重要领域。

更多的信息,请点击链接: 项目总览


如何加入项目

该项目基于 BOINC 平台,简要的加入步骤如下(已完成的步骤可直接跳过):

  1. 下载并安装 BOINC 的客户端软件(官方下载页面程序下载
  2. 点击客户端简易视图下的“Add Project”按钮,或高级视图下菜单中的“工具->加入项目”,将显示向导对话框
  3. 点击下一步后在项目列表中找到并单击选中 Proteins@home 项目(如未显示该项目,则在编辑框中输入项目网址:http://biology.polytechnique.fr/proteinsathome/ ),然后点击下一步
  4. 输入您可用的电子邮件地址,并设置您在该项目的登录密码(并非您的电子邮件密码)
  5. 再次点击下一步,如项目服务器工作正常(并且有适合自身操作系统的计算程序),即已成功加入项目

更详细的加入方法说明,请访问 BOINC 新手指南BOINC 使用教程

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