The Lattice Project

The Lattice Project

介绍

The Lattice Project 项目使用的就是马里兰大学(University of Maryland)开发的网格计算系统，该系统整合了 Globus、BOINC 和其它一些软件组件。(来源)
该项目始于2003年末，持续至今，由马里兰大学开发，本意是为了自身的科研需要，但开发者认识到了BOINC平台的巨大优势，并认为BOINC社区有可能是 Lattice的最有潜力的计算资源。Lattice正在以BOINC平台为基础，转移原有项目并为之开发适合于BOINC平台的新程序。官方全面介绍 及 这里 待翻译

研究内容

Lattice项目网格系统上运行了多个各种各样的研究项目。(来源)

• 卡明斯实验室(Cummings Laboratory)正在与他人一同通过GARLI来推论基于DNA序列数据的进化关系。

• 爱德华兹实验室(Edwards laboratory)正在使用HMMPfam服务(HMMPfam service)来计算来自Swiss-Prot、TrEMBL、GenBank、RefSeq和TIGR's CMR的所有细菌、质粒以及病毒蛋白质序列的Pfam课题(Pfam assignments)，并包括来自RefSeq细菌基因组的所有不确定的预言。这些蛋白质序列，以及它们的Pfam课题，将被用于快速微生物鉴别数据库(Rapid Microorganism Identification Database)(www.RMIDb.org)。HMMPfam服务也会作为Lattice基础网格的一个用于“大数据量的”生物信息学程序的模型。该网格由卡明斯实验室(Cummings Laboratory)和爱德华兹实验室(Edwards laboratory)协作完成。
  • N.J. Edwards and F. Pineda. Poster at ASMS (2006). Rapid Microorganism Identification Database (www.RMIDb.org), 2006. PDF

• 凯瑟琳.迪博尔博士(Dr. Catherine Dibble)的计算实验室组通过基于媒介的仿真模型来研究禽流感在美国地域上的地理学蔓延过程，以期量化相关的全国流行的风险，并决定最佳干涉策略。目前被使用的网格服务是Complab。
  • Catherine Dibble, Stephen Wendel, and Kristofor Carle (University of Maryland). Simulating Pandemic Influenza Risks of U.S. Cities. In Proceedings of the 2007 Winter Simulation Conference, 2007. PDF

• 卡明斯实验室(Cummings Laboratory)通过gsi来获得不同情形下的统计数据。

• Maile Neel和Joanna Grand通过使用Marxan来量化在自然保护区中所记录的生物差异的贫乏的、不完全的资料的效果。
  • Grand, J., M. P. Cummings, A. G. Rebelo, T. H. Ricketts, and M. C. Neel. 2007. Biased data reduce efficiency and effectiveness of conservation reserve networks. Ecology Letters 10:364-374. PDF

• 大卫弗斯曼实验室(Laboratory of David Fushman)正在Lattice平台上运行蛋白质对接算法(protein:protein docking algorithms)。受来自于实验条件的局限所迫，该算法将有助于模拟巨大的多分子蛋白质的结构，以及蛋白质与不同配合基的相互作用。CNS是该项目中具有代表性的网格服务。
  • Varadan, R., Assfalg, M., Raasi, S., Pickart, C. & Fushman, D. Structural Determinants for Selective Recognition of a Lys48-Linked Polyubiquitin Chain by a UBA Domain. Mol Cell 18, 687-98 (2005). PDF

• 来自莎拉提斯科夫实验室(Laboratory of Sarah Tishkoff)的 Floyd Reed 以及 Holly Mortensen 正通过Lattice项目来进行若干MDIV和IM的仿真模拟，他们运用分子的群体遗传学(molecular population genetics)，以期通过DNA序列的多态现象来对非洲变化多样的人口的趋异分散和迁徙移动的次数进行估计。
  • Tishkoff, S. A., Gonder, M. K., Henn, B. M., Mortensen, H., Knight, A., Gignoux, C., Fernandopulle, N., Lema, G., Nyambo, T. B., Ramakrishnan, U., Floyd A. Reed, F. A. & Mountain, J. L. History of Click-Speaking Populations of Africa Inferred from mtDNA and Y Chromosome Genetic Variation. Molecular Biology and Evolution 24(10), 2180-2195 (2007).

NOTE: If you are a researcher using The Lattice Project for your work, please cite The Lattice Project in your papers and publications using these guidelines.

出版物

Publications 待编辑

项目新闻

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外部链接

• The Lattice Project 官方网站
• The Lattice Project BOINC官方网站
• BOINC官方网站