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[分享] 一个SETI爱好者的FAH入门笔记

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发表于 2009-11-20 17:59:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
虽然参与并行计算有段时间了,借着机器的优势,SETI@Home的排名在Team China稳居第三有段时间了,最近终于在新机器的帮助下加入了自己参与并行计算最初的初衷项目:Folding@Home中,经过几天的摸索,终于越过了认知的泥坑,也逐步理解了两种不同并行运算的风采。

    SETI,搜索外星智慧生物项目,在几年前就从独立的项目并入到了Berkeley/伯克莱大学的并行运算体系,成BOINC其中最具人气的子项目之一,借助Berkeley成熟到近乎完美的BOINC Manager管理器,普通用户可以很方便的加入运算队伍,并且可以很方便地管理和调度基于BM的不同子项目,查询得分和项目进展。

    FAH,蛋白质折叠计算,是斯坦福大学主导且坚持了多年的并行运行项目,因为不像BM那样需要管理不同的项目,因此把重点完全放在了内核技术核心的开发上,所以上手没有SETI/BM那么自然顺畅。

    下面以SETI为对比记录FAH的成长过程中的特殊点作为参考,习惯的力量很强大,具体基本的的入门参考可以到国内并行运算大本营的相关社区找到最新的教程,网址:http://www.equn.com/forum/forum-21-1.html

    加入SETI运算只需要去berkeley官网下载一个BM的软件,跟使用普通计算机软件没有太多的区别,没有什么需要特别需要注意的地方,运行后选择加入项目即可,首次使用的时候用邮件地址和自建的秘密即可方便创建计算的账户,将来在更多的电脑再次参与项目的时候只要输入邮件地址和密码即可合并运算的结果和管理资料。BM会自动根据你的机器居然情况下载核心运算程序自动运行的;FAH相对比较麻烦,除非你只计划用一个GPU或者单核的CPU来计算,你可以直接去官网对应的GPU或者CPU计算程序安装运行,这个时候的FAH比SETI要简单很多,用户名随便填,不需要密码(其他人如果填一样的话也没有什么主权之说的),然后加入团队也很简单,在团队栏填上比如3213即可。但是如果你有2个或以上的显卡或者CPU是双核以上的时候问题就比较复杂了,多核CPU需要下载Deino的SMP版本和一些稍显专业点的配置,需要手工设置开机自动启动程序,而多显卡的情况更加复杂,需要自己为每个显卡/核心单独手动建立运行目录、设置和启动。说了这么复杂,其实简单点用现在计算机的操作系统来比喻,BM下的SETI像是Windows操作系统,而FAH更像unix,前者界面友好,后者却重视操控和效率。

    SETI的成绩统计、正在计算的项目、进度、完成度等很方便在BM界面可以查看和管理,统一帐号下的计算机可以在BM打开官网页面清楚地列出计算机的主要配置和性能等很多资讯;FAH需要单独配置一个FAHMON软件来显示运算的初略信息和得分预览,官网只有很简单的总分、日平均分等信息,没有参与计算的电脑清单及资料等功能,但是就实际使用几天后来看,反而是FAHMON更加有效,因为每台运算的计算机只要在网络上共享出来FAH计算的目录(虚拟机同样有效),这样位于整个局域的运算机器可以用一台机器来查看和监控运算状况了。

    SETI的WorkUnit(WU)分为AstroPulse(AP)和Multibeam(MB)两种,CPU可以计算两种WU,其中AP包现在很少见了,GPU目前只能算MB包,或者协助CPU加速AP包,根据预估的计算量和计算时间评分,因此当2个志愿者因计算时间不同而产生不同的得分时,SETI会根据最少的那个分值给2个人积分;FAH根据项目、参与设备将WU按照分值不同来区别,单核、多核、Ati、Nvdia都有分别对应分值的WU。

    SETI和FAH的排名都是累计总得分来计算(废话),第二排序依赖是平均分,SETI依赖的是总平均分RAC,FAH则是以日平均分PPD排名。

    SETI最近才开始支持ATI显卡作为CPU的协处理器加速运算AP包,Nvdia卡则可以作为完整的运行核心运行MB包,对GPU的支持不是很完整;FAH是最早支持GPU运算的项目,因此ATI和Nvdia都支持的很好(最新的5xxx系列显卡暂时不支持),不过ATI目前的运算效能还是很低,比较典型的就是处于中端的4850的运算效能相比中低端Nvdia的8800gs还要低一点。

[ 本帖最后由 eqzero 于 2009-11-22 21:47 编辑 ]

评分

参与人数 3基本分 +36 收起 理由
vennyfan + 6 我很赞同
cicikml + 15 例行公事
金鹏 + 15 精品文章

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 楼主| 发表于 2009-11-20 18:00:46 | 显示全部楼层
虽然未经证实,BM的CPU+GPU运算理论上会降低GPU的效能,虽然在跑FAH的GPU运算时CPU占用率一直就1%左右,而一旦把CPU拿去运算别的项目,不管是BM或者FAH,不管留下单核还是2个CPU核心给FAH,2片295的4个显卡核心PPD立刻严重下降(降幅>50%)。可惜SETI不能单机设置运行CPU还是GPU,而自己很多机器都不在身边,所以有机会再来试验了。

SETI对linux的支持很好,CPU、GPU任务都可以在linux顺利跑,由于没有实测,只是听说效能比windows下高;FAH也支持linux,不过遗憾的是GPU运算在linux下并没有原生支持,需要wine来跑,不过效能还不错,而FAH的linux smp非常优秀,效能超过windows下的smp约1倍。一个4核的电脑可以用VM跑2个2核的linux,在我的i5-750未超频的情况下超越了ATI4850的PPD。配上GTS250的GPU一起运算PPD>10k。

也许是FAH更难上手,感觉FAH相比SETI具有更强的粘力,因为搞定FAH更具有成就感。

不要被媒体宣传误导,Windows 7和vista都无法超越XP,也不适合Faher,效能和兼容性在FAH上处处体现出不如XP,2片295除非你接上4个显示器,否则运算会出错,而且效能比XP下要低5~10%。

[ 本帖最后由 eqzero 于 2009-11-23 15:03 编辑 ]
 楼主| 发表于 2009-11-20 18:01:35 | 显示全部楼层
预留3楼的话应该可以足够图文并茂了吧?
发表于 2009-11-20 19:09:20 | 显示全部楼层
长江后浪推前浪,江山代有才人出。
发表于 2009-11-20 20:24:26 | 显示全部楼层
兄弟写得好,希望能再雕琢完善些,上些图片,斟酌一下标题,重点突出一下FAH 。

一个不错的推广分布式计算的文章,修改好后可以加入置顶贴宣传推广链接

[ 本帖最后由 金鹏 于 2009-11-20 20:27 编辑 ]
发表于 2009-11-20 21:20:14 | 显示全部楼层
不错不错~我的260还在跑CC。。。你弄完教程我去试试FAH
 楼主| 发表于 2009-11-20 22:02:30 | 显示全部楼层
原帖由 金鹏 于 2009-11-20 20:24 发表
兄弟写得好,希望能再雕琢完善些,上些图片,斟酌一下标题,重点突出一下FAH 。

一个不错的推广分布式计算的文章,修改好后可以加入置顶贴宣传推广链接 ...


时间总是片段的,没办法好好整理,慢慢来了。
发表于 2009-11-21 13:54:43 | 显示全部楼层
期待兄弟早日完成
发表于 2009-11-21 18:07:01 | 显示全部楼层
深奥..鼓掌...
很好的文章啊
上图片好些.
发表于 2009-11-23 08:50:19 | 显示全部楼层
而一旦把CPU拿去运算别的项目,不管是BM或者FAH,不管留下单核还是2个CPU核心给FAH,2片295的4个显卡核心PPD立刻严重下降(降幅>50%)。


以我的经验是独占CPU内核惹得祸

解决办法就是在系统变量里加入如下参数:变量名称  NV_FAH_CPU_AFFINITY   变量值  15     (四核CPU加参数15)





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一、FAH和3213简介资料

1、FAH原理和研究疾病方向及项目发起方斯坦福大学简介,项目的公益性和全球共享性说明。

2、FAH的全球分布参与者情况,国内的参与情况,包括3213和台湾队及香港队,重点介绍3213的发展历程和现状等。

3、FAH目前取得研究成果和进度情况,科普一下各种WU的对应的具体研究项目。

      现有参考:
                   http://folding.stanford.edu
                   FAH宣传所有涉外文章和帖子
                   献爱心-用空闲时的显卡参与FAH计算--内附粗略的设置教程
                   大型科普活动——今天你的FAH在干什么~?

                   Folding@home【新手入门篇】(请大家提建议共同修改)   (感谢cicikml 兄弟更新完善)

                   玩的就是科学——Folding@home分布式计算项目(感谢cicikml兄弟完成)

                   一个SETI爱好者的FAH入门笔记 (感谢eqzero兄弟)

[ 本帖最后由 金鹏 于 2009-11-23 10:02 编辑 ]
发表于 2009-11-23 09:15:12 | 显示全部楼层

回复 #10 金鹏 的帖子

如果是A卡 是不是就把 “NV_FAH_CPU_AFFINITY” 改成ATI开头的?...
变量值也是15吗?
因为最近换了U 而且还碰上 WCG比赛 有小段时间没跑FAH了
发表于 2009-11-23 09:43:19 | 显示全部楼层
原帖由 sky_zhang01 于 2009-11-23 09:15 发表
如果是A卡 是不是就把 “NV_FAH_CPU_AFFINITY” 改成ATI开头的?...
变量值也是15吗?
因为最近换了U 而且还碰上 WCG比赛 有小段时间没跑FAH了



A卡不需要另加参数,程序默认关联到所有CPU内核上,兄弟可以打开任务管理器点击FAHCORE进程后右键点开关系设置,你会看到处理器关系关联到所有CPU内核上的

PS:兄弟你的黑盒II X4  965  吧?小超就上4G了吧

[ 本帖最后由 金鹏 于 2009-11-23 09:46 编辑 ]
发表于 2009-11-23 11:45:10 | 显示全部楼层

回复 #12 金鹏 的帖子

恩 为了稳定 和温度 折中了4G...
不过 WCG还是被拖后腿呀
等新编程的出来后看看吧...但愿能好点
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