诺贝尔化学奖-G蛋白--GPU3 projects 8043 8044 8045 8054

金鹏

These projects fold on NVIDIA Fermi GPUs. STATS: Point: 2387.1 ; timeout: 6.9; deadline:9.3;

These project perform folding of "Protein G", which is a large multi-domain surface protein of group G Streptococcus. It is one of proteins which can selectively bind antibodies. Therefore, it is widely used in purification of antibodies. It is also a model protein used for understanding the general mechanisms underlying protein folding. For example, Protein L ( projects 8001 and 8004) and Protein G have the same structure but their folding mechanism are suspected to be very different. In these projects, we study various mutants of protein G to understand its folding mechanism and elucidate the role played by protein structure and sequence in folding.
Manager for this FAH project

Dr. Diwakar Shukla is a postdoctoral scholar in the lab of Vijay Pande at Stanford University. Dr. Shukla's research focuses on using large-scale simulation methods to unravel the mysteries of Alzheimer's Disease. We are continuing to use Folding@home in order to learn more about Alzheimer's Disease, in particular to discover new therapeutics, such as this recent work from our group.

斯德哥尔摩时间10月10日11点45分，2012年诺贝尔化学奖揭晓，两位美国科学家罗伯特·莱夫科维茨（Robert J. Lefkowitz）和布莱恩·科比尔卡（Brian K. Kobilka）因“G蛋白偶联受体”研究领域的杰出贡献而获奖。
生物通报道：斯德哥尔摩时间10月10日11点45分，2012年诺贝尔化学奖揭晓，两位美国科学家罗伯特·莱夫科维茨（Robert J. Lefkowitz）和布莱恩·科比尔卡（Brian K. Kobilka）因“G蛋白偶联受体”研究领域的杰出贡献而获奖。


Robert J. Lefkowitz
他研究了最大、最重要且最容易在治疗上达到的G蛋白偶联受体（GPCR）系统，这一受体系统控制着细胞和器官度药物和激素的应答。


Brian K. Kobilka

美国斯坦福大学医学院的教授，分子和细胞生理学和医学博士。他也是ConfometRx，一家专注于G-蛋白偶联受体的生物技术公司的共同创办人。2011年入选美国国家科学院院士。

G蛋白偶联受体最新研究成果：

今年Kobilka教授领导组成的国际研究团队一连公布了三篇论文，报道了G蛋白偶联受体(GPCR)作用复合物的详细晶体结构，这一发现被称为是一项真正具有突破意义的成果。

G蛋白偶联受体(GPCR)是与G蛋白有信号连接的一大类受体家族，是最著名的药物靶标分子，调控着细胞对激素，神经递质的大部分应答，以及视觉，嗅觉，味觉等。目前世界药物市场上至少有三分之一的小分子药物是GPCR的激活剂或者拮抗剂，据报道，目前上市的药物中，前50种最畅销的药物20%就属于G蛋白受体相关药物，比如充血性心力衰竭药物Coreg，高血压药物Cozaar，乳腺癌药物Zoladex等等。

由于GPCR属于膜蛋白——穿插细胞膜多达7次，而且构象形态多，因此其结构生物学分析不容易开展，而这篇文章完成了GPCR跨膜信号作用复合物的X-射线晶体结构，实现了许多人未能完成的任务，正如密苏里州大学的Stephen Sprang所说的那样：这是一篇真正具有突破意义的文章，多年以来，我们这行里的人都在梦想得到这个结构图，因为它最终会告诉我们GPCR受体是如何发挥作用的。

在这篇文章中，研究人员利用X线晶体成像技术(X-ray crystallographic)对与G蛋白偶联的β2肾上腺素能受体复合物进行了研究，据报道，G蛋白是一种由三个不同亚单位组成的蛋白，它很容易与GPCR蛋白分开，并且解离成三个独立的亚单位，而且这个复合物的大小大约是β2肾上腺素能受体蛋白的2倍。如果要拿到β2肾上腺素能受体蛋白——G蛋白复合物的晶体结构首先就得开发出纯化该复合物并且让它稳定存在的新技术，比如让复合物与抗体结合，或者对数千种不同的结晶条件进行系列实验等等。

另外一篇Nature文章则介绍了利用“肽酰胺氢-氘交换质谱”对这一信号作用复合物的蛋白动态所做的探测研究，同期Nature杂志还发表了特写文章“It's all about the structure”，称要确定这些复合物的结构特别具有挑战性。

不过也有科学家表示，由于这项研究实验采用的是经过人工改造的，并且与抗体结合的GPCR蛋白复合体，这可能不能反应天然蛋白的真实情况。对此，Kobilka等人则认为他们已经做过蛋白功能实验，实验结果表明他们使用的蛋白与天然蛋白在功能上没有差异。

领导这项研究的是著名的结构生物学，斯坦福大学Brian K. Kobilka教授，他曾2007年与另外一位科学家Raymond C. Stevens，利用T4溶菌酶融合蛋白方法解析了第一个非视紫红质GPCR晶体结构：人β2肾上腺素受体，这篇发表在Sciene上的文章被引上千次，后来他还独立地通过抗体片段介导法解析了人β2肾上腺素受体的结构。

GPU3 projects 8043 8044 8045 8054貌似适合GTS 450跑,温度低PPD高,貌似比高温甜包8018 8020 跑出的PPD还高
从我这里看基本上920+核心的GTS 450都能跑出11K+的PPD,970核心GTX560TI 跑出21K,910核心GTX560跑出17K,不知道其他兄弟是不是这样?
想尝鲜的兄弟们在快捷方式里加入

1. -betateam

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()注意-前有个空格

1. GTS 450/970
   
2. 
   
3. [19:45:35] Project: 8043 (Run 0, Clone 0, Gen 14)
   
4. [19:45:35]
   
5. [19:45:35] Assembly optimizations on if available.
   
6. [19:45:35] Entering M.D.
   
7. [19:45:37] Tpr hash work/wudata_04.tpr:  2440470543 2619376807 3783636941 2982459434 4179850462
   
8. [19:45:37] GPU device info: vendor=0 device=0 name=<NA> match=0
   
9. [19:45:37] Working on GROningen MAchine for Chemical Simulation
   
10. [19:45:37] Client config found, loading data.
    
11. [19:45:38] Starting GUI Server
    
12. [19:46:38] Setting checkpoint frequency: 500000
    
13. [19:46:38] Completed         3 out of 50000000 steps (0%).
    
14. [19:49:33] Completed    500000 out of 50000000 steps (1%).
    
15. [19:52:28] Completed   1000000 out of 50000000 steps (2%).
    
16. [19:55:22] Completed   1500000 out of 50000000 steps (3%).
    
17. [19:58:17] Completed   2000000 out of 50000000 steps (4%).
    
18. [20:01:12] Completed   2500000 out of 50000000 steps (5%).
    
19. [20:04:07] Completed   3000000 out of 50000000 steps (6%).
    
20. [20:07:02] Completed   3500000 out of 50000000 steps (7%).
    
21. [20:09:56] Completed   4000000 out of 50000000 steps (8%).
    
22. [20:12:51] Completed   4500000 out of 50000000 steps (9%).
    
23. [20:15:46] Completed   5000000 out of 50000000 steps (10%).
    
24. [20:18:41] Completed   5500000 out of 50000000 steps (11%).
    
25. [20:21:36] Completed   6000000 out of 50000000 steps (12%).
    
26. [20:24:31] Completed   6500000 out of 50000000 steps (13%).
    
27. [20:27:26] Completed   7000000 out of 50000000 steps (14%).
    
28. [20:30:21] Completed   7500000 out of 50000000 steps (15%).
    
29. [20:33:16] Completed   8000000 out of 50000000 steps (16%).
    
30. [20:36:11] Completed   8500000 out of 50000000 steps (17%).
    
31. [20:39:05] Completed   9000000 out of 50000000 steps (18%).
    
32. [20:42:00] Completed   9500000 out of 50000000 steps (19%).
    
33. [20:44:55] Completed  10000000 out of 50000000 steps (20%).
    
34. [20:47:50] Completed  10500000 out of 50000000 steps (21%).
    
35. [20:50:45] Completed  11000000 out of 50000000 steps (22%).
    
36. [20:53:40] Completed  11500000 out of 50000000 steps (23%).
    
37. [20:56:34] Completed  12000000 out of 50000000 steps (24%).
    
38. [20:59:29] Completed  12500000 out of 50000000 steps (25%).
    
39. [21:02:24] Completed  13000000 out of 50000000 steps (26%).
    
40. [21:05:19] Completed  13500000 out of 50000000 steps (27%).
    
41. [21:08:14] Completed  14000000 out of 50000000 steps (28%).
    
42. [21:11:09] Completed  14500000 out of 50000000 steps (29%).
    
43. [21:14:03] Completed  15000000 out of 50000000 steps (30%).
    
44. [21:16:58] Completed  15500000 out of 50000000 steps (31%).

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1. GTX 560TI/970
   
2. 
   
3. [00:25:24] Project: 8044 (Run 0, Clone 5, Gen 6)
   
4. [00:25:24]
   
5. [00:25:24] Assembly optimizations on if available.
   
6. [00:25:24] Entering M.D.
   
7. [00:25:26] Tpr hash work/wudata_05.tpr:  3592265159 2826331802 4001606071 3628022431 329629487
   
8. [00:25:26] GPU device info: vendor=0 device=0 name=<NA> match=0
   
9. [00:25:26] Working on Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
   
10. [00:25:26] Client config found, loading data.
    
11. [00:25:26] Starting GUI Server
    
12. [00:26:27] Setting checkpoint frequency: 500000
    
13. [00:26:27] Completed         3 out of 50000000 steps (0%).
    
14. [00:28:08] Completed    500000 out of 50000000 steps (1%).
    
15. [00:29:49] Completed   1000000 out of 50000000 steps (2%).
    
16. [00:31:31] Completed   1500000 out of 50000000 steps (3%).
    
17. [00:33:33] Completed   2000000 out of 50000000 steps (4%).
    
18. [00:35:19] Completed   2500000 out of 50000000 steps (5%).
    
19. [00:37:00] Completed   3000000 out of 50000000 steps (6%).
    
20. [00:38:42] Completed   3500000 out of 50000000 steps (7%).
    
21. [00:40:23] Completed   4000000 out of 50000000 steps (8%).
    
22. [00:42:05] Completed   4500000 out of 50000000 steps (9%).
    
23. [00:43:46] Completed   5000000 out of 50000000 steps (10%).
    
24. [00:45:29] Completed   5500000 out of 50000000 steps (11%).
    
25. [00:47:11] Completed   6000000 out of 50000000 steps (12%).
    
26. [00:48:52] Completed   6500000 out of 50000000 steps (13%).
    
27. [00:50:34] Completed   7000000 out of 50000000 steps (14%).
    
28. [00:52:15] Completed   7500000 out of 50000000 steps (15%).
    
29. [00:53:57] Completed   8000000 out of 50000000 steps (16%).
    
30. [00:55:38] Completed   8500000 out of 50000000 steps (17%).
    
31. [00:57:19] Completed   9000000 out of 50000000 steps (18%).
    
32. [00:59:01] Completed   9500000 out of 50000000 steps (19%).
    
33. [01:00:42] Completed  10000000 out of 50000000 steps (20%).
    
34. [01:02:23] Completed  10500000 out of 50000000 steps (21%).
    
35. [01:04:04] Completed  11000000 out of 50000000 steps (22%).
    
36. [01:05:46] Completed  11500000 out of 50000000 steps (23%).
    
37. [01:07:27] Completed  12000000 out of 50000000 steps (24%).
    
38. [01:09:08] Completed  12500000 out of 50000000 steps (25%).
    
39. [01:10:50] Completed  13000000 out of 50000000 steps (26%).
    
40. [01:12:31] Completed  13500000 out of 50000000 steps (27%).

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nekoko

G蛋白？貌似有点意思，个人感觉这个比BA包算的东西有意义多了~

zflowers

看起来很不错

vmzy

回复 2# nekoko
BA包的意义也不小吧？RNA病毒研究本来在生物医学领域就属于薄弱环节。当年欧洲大流感，不是也伤亡惨重嘛。貌似现在对流感一直都没有真正的疫苗和特效药的（流感病毒的变异性和抗药性极其变态）。我倒是觉得流感始终是一柄悬在人类头顶的达摩克斯之剑。
当然我也明白nekoko的意思并不是说BA无用。至于G蛋白和流感哪个重要，这个不属于我们的讨论范畴，还是让‘砖家’来评说吧。

rawarrior

都有意义都有意义。。
V7版的怎么搞？在哪里加-betateam？

superTWT

总算能有点新意了

这段时间跑76XX跑伤掉了。。。。

加上参数试试

金鹏

都有意义都有意义。。
V7版的怎么搞？在哪里加-betateam？
rawarrior 发表于 2012-9-29 13:13

貌似-GPU3客户端专有,V7木有这鞋包


兄弟试试吧

砖家

回复  nekoko
BA包的意义也不小吧？RNA病毒研究本来在生物医学领域就属于薄弱环节。当年欧洲大流感，不是 ...
vmzy 发表于 2012-9-29 10:35

    呃。。。。你说很有道理。。。

vmzy

这对项目今天转正了。不用加beta参数也可以算了。

chinalianxin

这个必须顶~这几天在家~学校的机器一直不稳定~回去重装系统试试新包~

rawarrior

GTS450 11.1Kppd
跑得很happy...

金鹏

回复 11# rawarrior

兄弟450多少频率跑的？950？

rawarrior

回复 12# 金鹏


    回禀金版:
o版的影驰GTS450
GPU：888MHz，默认
显存：2000MHz，默认
电压：1.012V，默认1.075V，温度会+5度
风扇：55%（2400rpm），默认自动转速温度+5度
温度：51-56度
室温：20-21度，2周后会给暖气，现在是室温最低的时候
新甜包2387分：11.1Kppd
老甜包5757分/2510分：10.1Kppd
大臭包5187分：7.3Kppd（还经常出错，白算）

金鹏

回复 13# rawarrior

堪称最适合神卡450跑的低温甜包

muclemanxb

回复 8# 砖家


    惊现砖家，不得不顶