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生命科学

项目信息

主要支持平台

Parabon Computation(Parabon 计算)有研究项目(将有商业项目) 并有一个与 Popular Power 相似的安全 Java 客户端。1.4 Windows 9X/2K/NT 版发布于2002年10月。1.3 Linux 版发布于2001年4月24日。您能在这里下载完整客户端。客户端自动升级，您无需手动下载更新。您能注册－当发布 Mac 和 Unix 客户端时接受电子邮件通知。

客户端当前运行下列项目：通过详尽的逆向分析寻找那些可以减轻接受化疗者的痛苦的特殊因子，基因表达分析和研究蛋白质折叠分子动力学以加深对癌细胞性状和潜在新疗法怎么影响他们的理解，对 Amarillo Biosciences 公司的治疗 fibromyalgia 综合症的临床试验数据进行详尽的逆向分析。

参加 grid.org 的健康，科学和与互联网相关的研究项目——“United Devices Global MetaProcessor”

grid.org 的第一个项目是与英国牛津大学化学系、National Foundation for Cancer Research (全国癌症研究基金NFCR)中心合作的寻找抗癌药物。这个项目的第一阶段，THINK，开始于2001年3月，结束于2002年6月。这个阶段使用200,000个 Cpu-time 小时筛选了对应一系列癌症蛋白质的35亿个分子。第二个阶段，LigandFit，开始于2002年6月。这个阶段将进一步提炼第一阶段的结果。牛津有一个关于项目的科学背景的详细网站。grid.org有关于项目和它的结果的最新新闻。

2002年12月7日，CDK-2(人类的Cyclin Dependent Kinase细胞周期蛋白酶2)蛋白质，1AQ1，被加入LigandFit阶段成果。2003年1月21日，821P蛋白质被加入成果。蛋白质有30个配体每个工作单位在20.8天后到期。2月12日，C-ABL Tyrosine Kinase(1iep)蛋白质被加入成果。蛋白质有80个分子每个工作单位/工作单位包分别在2个CPU time星期/3个实际时间星期后到期。2003年2月25日，1C1Y蛋白质被加入成果。蛋白质有27个配体每个工作单位在3个星期后到期后。2003年3月10日，(1D8D)蛋白质被加入成果。蛋白质有30个配体每个工作单位在3个星期后到期。注意这是大蛋白质，需下载大约574KB并且在客户端中没有蛋白质图像。2003年4月19日，名为“模型1”的天花蛋白质被加入成果。它有220个配体每个工作单位在3个星期后到期。2003年7月15日，最后的天花蛋白质，名为“模型10”被加入成果。它有110个配体每个工作单位在3个星期后到期。

grid.org的第二个项目是与Accelrys，Evotec OAI，IBM，牛津大学，United Devices和许多由Grant McFadden和Stewart ShumanAccelrys博士带领的科学研究员合作的寻找天花疫苗。项目开始于2003年2月5日结束于2003年9月30日。它筛选了“对应于一系列与天花有关的蛋白质对象的大约350万个分子。”2003年9月30日项目结果递交给了美国国防部(参见对此的新闻报导)。在不远的将来，grid.org将继续新的，修改过的天花蛋白质研究。

查看过去项目的情况。

MetaProcessor 3.0版客户端发布于2002年6月18日自。客户端不支持Win95。但能在所有更新的Windows平台上运行。Win95用户可以参加类似的项目，譬如Distributed Folding或Find-a-Drug3.0

用户注意：一个已知的漏洞，如果您重新开始客户端将导致客户端一个工作单位重新计算。

参加关于这个项目的论坛。查看项目进度。

Folding@home是一个使用屏幕保护程序或客户端应用程序基于Mithral CS-SDK来模拟蛋白质折叠以更好的了解蛋白质怎么自聚或折叠的志愿项目。Intel 通过它的慈善Peer-to-Peer计划支持这个项目。您可以在当前项目页面浏览当前运行的项目。自3.0版，软件客户端支持Genome@Home项目。浏览项目的最新新闻(上次更新于2004年4月2日)。站点被翻译成了许多不同的语言。

2002年10月21日，项目宣布，它达到了它的预期目标: “模拟蛋白质折叠的动力学，为[蛋白质折叠]的工作方式做定量预测。这是 计算生物学的‘圣杯'”特别地，项目模拟了一个人造的23个氨基酸链名为BBA5的折叠。模拟的尺寸和折叠时间符合在实验室里观察到的蛋白质的物理尺寸和折叠时间。成果于2002年11月发表在《自然》，文章题为“模拟的和实验室的蛋白质折叠动力学的绝对比较。”

2003年1月10日，项目打破了90,000有效CPU纪录。2003年10月10日，打破了120,000有效CPU纪录。2004年4月24日，打破了150,000有效CPU纪录。

2001年11月28日，项目开始研究Alzheimer症(110和5100)。2002年5月8日，项目开始研究Huntington症(503和504)，与Alzheimer症相似的病，它由蛋白质误折造成。浏览所有的当前研究项目的名单。2002年6月，项目开始使用Gromacs分子动力学模拟软件。这软件使项目能比早先的软件更加准确和迅速的模拟更大的蛋白质。2002年8月12日，Gromacs软件成功地模拟了一个简化分子，项目902，并显示出许多大分子模拟的可行性。2003年3月27日，项目开始研究几个新模型或工作单位，包括NTL9(同时具有beta和alpha结构的蛋白质) 和1PRB(三螺旋束)。并且项目增加它的trpzip研究范围包括第四个变形trpzip4。2004年4月23日，发表了Gromacs核心的第一个结果。

4.00 Windows、Linux和Mac OS x版客户端发布于2003年12月19日。注意2.x版客户端有兼容性问题，如果您使用一个老版本您应该升级到最新版的客户端。在老项目站点1.34 Solaris(2.7或更高)版发布于2001年2月25日。

学生和老师可以浏览站点的Education@Home部分。

浏览根据这个项目的结果发表的研究论文和文章。

浏览Pande教授2004年2月19日在Xerox PARC的谈话 :Folding@Home:100,000CPU的栅格能应付分子模拟的基本困难吗? 观看录影需要Windows Media Player。

浏览每小时维护的这个项目的在statsman.org的小组和用户的独立统计。

浏览一个提供关于参加这个项目的有用提示的独立支持站点。

浏览原始的Folding@Home项目。

参加这个项目的论坛。

参加原始项目的论坛。

参加关于完整蛋白质折叠(完全是软件模拟折叠)的论坛。

查看项目进度。

在 fightAIDS@home 帮助设计新药物与 AIDS 爱滋病战斗。项目由非盈利的Scripps 研究所主办。项目网站还有中文站点。

项目于2003年5月21日结束了阶段I，(在这个阶段，近 60,000 台计算机完成了 1,400 年计算处理 900 万项任务)。

“[阶段I]展示了非常巨大的计算能力，研究员运用加强的方法辨认那些对突变具有抗性或弹性的候选药物。在阶段I早期产生，TL-3，证明能够提高当前被批准的HIV蛋白抑制剂的药物抗性能力。TL-3的特征由FAAH的计算工作证实了。”

项目阶段II开始于2003年5月21日。注意阶段II，项目完全转移到 Scripps 研究所(成为了一个完全地非盈利项目)并且 Entropia 不再介入。您将需要重新注册并下载一个新客户参加阶段II。您能通过在2004年1月19日和1月26日发表的文章加深对项目的了解:
反抗第I章: 从皮式培养皿到人口动力学
反抗第II章: 在家和实验室里的HIV抗性战斗

客户端现在有windows版。最适合有不间断互联网连接的用户。客户端将会发布Mac OS x和Linux版。

Übero的客户允许您参加付费项目与其它当前正在运行和即将开始的付费项目类似。当前的Beta版客户端运行"用遗传自调整算法寻找各种有机体的相似的氨基酸串"。这个志愿项目为加州大学,Irvine的Genomics and Bioinformatics研究院而完成。未来的志愿项目可能包括蛋白质折叠和辐射研究。注意: 这个项目于2001年11月完成，所以新结果不再被发现。但是，项目数据用来测试新客户端应用程序的功能。您的贡献将帮助测试新功能和改进客户端。

0.7.1 Beta版客户端发布于2002年1月8日，这个版本的客户端有支持用户在防火墙后使用代理，更高效率地使用您的CPU和网络带宽，还有许多其它新功能。客户端可以在任何支持Java 2的平台上运行。这个项目更适用于那些24小时连接互联网的用户因为在我的奔腾II 350上几分钟就可以完成一个工作单位而且客户端不支持工作单位缓存。

浏览项目的论坛。

帮助寻找Anthrax(炭疽)，Smallpox(天花)，Ebola(埃博拉)， SARS(非典)，暂时无法治疗的致命疾病和Malaria－全球有40%的人口处于其阴影下的致命疾病的口服抗抗病药物。 在Drug Design Optimization Lab(药物设计优化实验室D²OL)^TM。本项目由Rothberg Institute for childhood diseases(Rothberg儿童疾病研究所)主办，用志愿资源从200万种潜在药物数据库中筛选Anthrax，Smallpox，Ebola，SARS和Malaria药物。SARS项目开始于2003年4月17日。Malaria项目开始于2003年11月7日。浏览关于项目背后的科学的细节讨论。

图形客户端能最小化或在系统栏(windows)里运行。当前它不允许您选择蛋白质计算对象：未来版本可能将有此功能。它无需不间断互联网连接：如果您很少连接到互联网，它允许您设置缓存的工作单位的数量以便您能贮藏更多工作。注意如果您暂停或重新开始客户端，您将丢失您为当前的工作单位计算的所有构体。客户端支持防火墙后的代理。2.0 Windows、Mac OS X、Linux和Solaris版的客户端发布于2003年9月18日。浏览关于这个发布版本的重大更新的新闻。

加入D²OL论坛。

项目网站还有中文站点。查看项目进度。

在The Virtual Laboratory Project(虚拟实验室项目)中帮助筛选分子以设计药物与疾病战斗。这个项目不象传统项目那样运作。不是下载软件客户端和下载工作任务，而是您设定您系统上的Globus网格计算的软件，然后使您的系统可以被World Wide Grid (全球网格WWG)－一个全球计算网格使用。然后虚拟实验室项目协调员能根据他们的需求安排您的系统的计算。由于这个设定，这个项目适合有不间断互联网连接的用户。这个项目，协调员使用他们的网格调度程序Nimrod-G，配置在您的机器上的他们的服务程序做分子筛选。他们的项目看起来象这样。

浏览关于这个过程白皮书:虚拟实验室: 使分子筛选成为可能，和一篇博士学位(PhD)论文。这个项目生物合作者已经设计一种药物抵制ECE酶用于治疗心脏病，当前虚拟实验室正在研究肝癌。

浏览由项目协调员发表的其它白皮书:大区域的分布式计算网格和网格技术。

注意:这个项目当前是只支持Linux/Unix。不支持windows。

Distributed Folding折叠蛋白质以帮助科学家了解蛋白质怎么"折叠和装配入活细胞"。项目由Samuel Lunenfeld 研究所，Hogue Bioinformatics实验室和 多伦多大学生化学院负责，由Intel的慈善Peer-to-Peer计划支持，测试蛋白质折叠算法看它能否再产生自然蛋白质折叠。项目希望创造"曾经计算过的最大的蛋白质折叠样品。"在它的第一个阶段，1a，为五个小蛋白质进行了10亿次折叠。在阶段1b，为10个大蛋白质进行了100亿次折叠。阶段2开始于2003年6月17日。它最终将为15个不同蛋白质做1000亿次折叠。

在2002年5月30日和2002年9月9间，项目参与CASP5结构预测竞赛。竞争的结果发表于2002年12月下旬。

2004年7月6日项目开始CASP6结构预测竞赛。

2002年12月3日项目为它的结构遗传算法申请了一个专利(U.S专利号6490532)。

浏览这个项目完成的蛋白质的结果。

应用程序可以作为一个Win32屏幕保护程序或Win32, Linux, Sony PlayStation 2 Linux和许多Unix平台包括Mac OS x的命令行客户端运行。客户端折叠蛋白质结构，每计算完几千个结构(几个小时)后或当您退出它时它向项目服务器报告它的结果。如果客户端无法连接到服务器，它将结果缓存并会在以后再尝试(它可以无限缓存所以您可以按自己意愿连接互联网)。windows屏幕保护程序版本有一个选择使调制解调器用户告诉它不连接到互联网。客户端能自动检查软件更新，自动更新自身(在它通知您后，您批准更新)。有很多机器的用户能下载自动更新后台代理程序，使他能更容易和更快的更新在他们的所有机器上的客户软件。客户端支持防火墙后的用户如果他们使用非验证代理服务器。最新版的支持所有平台的客户端和屏幕保护程序发布于2004年6月7日。最新版的自动更新后台代理程序发布于2004年1月14日。

观看2002年11月27日项目协调员被CityPulse24电视采访的一个Windows Media Player ASF格式文件。

加入关于这个项目的论坛。

加入CommunityTSC项目帮助寻找抗Tuberous Sclerosis Complex (结节性硬化综合症TSC)的药物，"一种导致多种器官(包括脑，肾脏，心脏，眼睛，肺和其它器官)良性肿瘤的基因紊乱。项目由Rothberg儿童疾病研究所主办。项目在2002年6月17日开始它的第二个蛋白质对象PI3K工作。在2003年2月项目开始修改过的PTEN和PI3K蛋白质对象和新的FRAP和EIF4.E对象。项目开始在2003年11月3日AKT蛋白质对象。

项目使用D²OL客户端软件。在windows中客户端在系统栏运行，但所有版本都有一个图形界面和一条命令行界面允许您查看它正在做什么。它不要求不间断的互联网连接:如果您很少连接到互联网，它允许您设置缓存的工作单位的数量以便您能贮藏更多工作。注意如果您暂停或重新开始客户端，您将丢失您为当前的工作单位计算的所有构体。客户端支持防火墙后的代理。2.0 Windows、Mac OS X、Linux和Solaris版的客户端发布于2003年9月18日。浏览关于这个发布版本的重大更新的新闻。

加入TSC论坛。查看项目进度。

Find-a-Drug 帮助研究员寻找治疗主要疾病的新药物，一个由 Treweren Consultants，THINK 屏幕保护程序的创作人负责的非盈利项目。Find-a-Drug 运行一个或更多的项目，虽然一些项目是不定期开放。2003年7月9日发表了项目的通讯#4。

2003年6月30日，项目宣布，成功地发现了一些潜在的抗癌药物。在测试了5亿个分子以后，它产生了一系列候选药物。39个候选药物进行了实验室测试，并有7个(20%)显示了预期的抗癌性。只2-3%被预计有预期的药性。2003年11月12日，项目宣布，发现了5个抗癌蛋白质对象的生长抑制剂。“200个被测试分子有42个[至今]显示了预期的抗癌性。” 2004年3月22日，项目宣布，“发现了更多抑制癌细胞生长的分子，”现在发现了“7个抗癌蛋白质对象的生长抑制剂。”2004年4月16日，项目宣布，发现了18个禁止HIV蛋白酶生长的分子－爱滋病蛋白质。至2004年7月2日更多它发现的抗癌药物在实验室试验中被证实有效的。

Cancer 和 Proteome 项目开始于2002年8月8日。Bioterrorism Antidotes 项目开始于2002年10月15日。一个新算法项目开始于2002年10月26日(算法项目改进Think软件的性能和准确性)。2003年2月19日新蛋白质，Tyrosine phosphatase(PTP1B) 加入了算法项目。Respiratory Disease (呼吸疾病，从SARS开始)和 Multiple Sclerosis(多发性硬化症) 项目开始于2003年5月7日。第二个 SARS 对象开始于2003年5月29日。HIV 项目开始于2003年7月1日。Malaria(疟疾) 项目开始于2004年5月10日。

客户端支持防火墙后的用户。它允许您方便地选择加入/退出任何药物寻找的项目，这样您可以只参加您感兴趣的项目。它允许您缓存工作单位以便您能离线工作。1.23c Windows和Linux 版客户端发布于2004年3月11日。1.24b Beta版客户端发布于2004年4月13日。

加入关于项目的论坛。

项目网站还有中文站点。查看项目进度。

帮助Predictor@home由蛋白质序列预测蛋白质结构。项目由非盈利的Scripps研究所主办。项目的第一个阶段，mfold，测试和评估"由第六届每年两次的CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction蛋白质结构预测的重要评估技术)提出的实验性的新的蛋白质结构预测算法和方法"帮助回答"与蛋白质有关的疾病的重要生物医学问题"。mfold当前的对象是T0196至T0205。项目的第二个阶段，charmm，将研究蛋白质精炼。

注意这个项目处于alpha测试阶段。分值和结果也许会在任何时候被重置或删除。

前5个预测对象中的T0196和T0197发布于2004年7月1日。您能在项目的图库看到他们。

项目使用BOINC计算平台。注意客户需要150MB磁盘空间和50MB 内存运行。您可能需要调整您的磁盘剩余空间和内存占用百分比以使客户端正常运行。2004年6月27日项目服务器升级到BOINC 3.19。

加入关于项目的论坛。查看项目进度。

帮助 XGrid@Stanford“模拟 beta 2 肾上腺素受体的构造变化，以加深对它的在药理学上的理解。”这个项目由 Charles Parnot，斯坦福大学的分子和细胞的生理学院的 Brian Kobilka 实验室的一个博士后负责。注意这个项目不是完整的，公开分布式计算研究计划：它设计用苹果公司的 XGrid 软件让苹果 OSX 用户帮助大学研究员完成他的研究。这个站点还有法语版。

2005年4月29日，苹果公司发布了 Mac OS X.4 (aka Tiger) 和 XGrid 1.0，项目客户端软件 Xgrid 1.0 相对以前的版本做了一些修改。项目将“在两类不同的用户群上使用二个不同的程序版本，并将继续使用客户端在浏览项目‘技术预览’的同时运行 Xgrid 1.0 版本。”，但是，最终，项目将只保留 Xgrid 1.0 版本的用户群。

项目已经于2004年10月16日召开了一次以 Biomedical Computation at Stanford (bcats - 斯坦福大学生物医学计算)为主题的会议。

参加项目，遵照安装说明书(文本版)并发送电子邮件到 charles.parnot@stanford.edu 以便项目更新时他能与您联系。

您可以查看项目的 goodies section(好东西部分网页)，“您可以在那里下载到有关 Xgrid 的详细描叙文档，以进一步加深对 Xgrid 的理解” 。

帮助 Human Proteome Folding 从人类的染色体序列数据中预测蛋白质的空间折叠结构。项目是建立在 World Community Grid(世界公共网格)和 grid.org 计算平台上的，这些平台由 Institute for Systems Biology(美国系统生物医学
研究所)、位于美国西雅图的 University of Washington(华盛顿大学)和 IBM 公司共同开发。项目使用华盛顿大学的 The Baker Laboratory(贝克实验室)开发的 Rosetta 软件包来通过人类的染色体序列推测蛋白质的结构。“了解人类的全套蛋白质是在蛋白质结构和蛋白质是怎样的参与到人类疾病的形成及治疗过程的一个重大的科学问题”。您可以参见 more detailed description(更为详细的描叙)以了解更多的关于项目如何使用 Rosetta 进行计算的信息。Rosetta 将被用来召集超过 1,000,000 年的计算机处理时间来分析人类的整个染色体组。项目预计在2005年12月前完成(2005年5月3日，项目预计将于2005年8月完成。)您也可以通过查看 grid.org 的信息发布页面来了解该项目计划。

项目使用 World Community Grid 或者 grid.org 计算平台。项目鼓励那些尚未注册参加 grid.org 的志愿者们参与到 World Community Grid 中来。您可以查看 World Community Grid 和 grid.org 平台介绍页面来得到关于客户端最新版本的信息。当前只有适用于 Windows 系统下的客户端。任务包的过期时间限制在 4 周以内。客户端对计算机内存的最低要求是 256MB。目前的最新版本是于2004年12月28日发布的 Rosetta 核心程序：新的核心程序将减少对内存的需求，只需要 26MB 的物理内存和 200MB 虚拟内存就可以了。

欢迎您加入到项目论坛中参与讨论。

您也可以加入到 grid.org 的项目论坛中参与讨论。

帮助 CHRONOS (Chromosomal Nostalgia)发现人类染色体组中的 24 条染色体之间的关系。对这些关系的研究将帮助科学家更深入的了解和预防包括癌症和糖尿病在内的基因疾病。该项目是由 NTT Data Corporation 主持的 cell computing Birth(细胞生命周期计算)计划的一部分。项目网站目前只有日语版本，如果您熟悉英语，可以通过 unofficial English translation(非官方的英语翻译版本)来了解并参加本项目以及细胞生命周期计算计划中的其他项目，您也可以通过 Google translation(Google 翻译服务)来访问项目站点。

该项目是基于 BOINC 计算平台的，您可以查看 BOINC 平台介绍页面来得到有关项目客户端最新版本的信息。

参加 Screensaver-Lifesaver project 项目帮助 National Foundation for Cancer Research (NFCR-全美癌症研究基金会) 寻找能够对抗胰腺癌的有效药物。该项目是 grid.org 的一个合作项目，National Foundation for Cancer Research (NFCR-全美癌症研究基金会)的药物研制中心是由位于英国的 University of Oxford(牛津大学)Department of Chemistry(化学系)、位于美国亚利桑那州南部城市图森的 University of Arizona(亚利桑那州大学)的全美癌症研究基金会下设抗癌疗法研究会、位于美国菲尼克斯的 Translational Genomics Research Institute (TGen-美国翻译基因组学研究院)等等研究机构共同组成。项目将测试 350,0000 种药物分子，主要针对以下几种与胰脏癌有关的蛋白质：蛋白质激酶(Aurora-A Kinase)，蛋白质激酶(Aurora-B Kinase)，双重特异性磷酸酶(PRL-1 Phosphatase)，和尿激酶型纤溶酶原激活剂(Urokinase-type Plasminogen Activator)(uPA)。

该项目使用 grid.org 分布式计算平台。您可以查看 grid.org 平台介绍页面来得到有关 grid.org 客户端程序的最新版本信息。目前，grid.org 只用可用于 Windows 平台下的客户端程序。

帮助 Rosetta@home “预测并设计蛋白质结构、了解蛋白质与蛋白质之间的以及蛋白质自身之间的相互作用”，为了“增强预测和设计蛋白质结构及其复合体的技术的准确性，努力帮助科研人员开发能够用于治疗譬如癌症、HIV/AIDS 和疟疾等疾病的方法”。该项目由华盛顿大学的 The Baker Laboratory(贝克实验室)主持，项目将帮助实验室改进他们的 Rosetta 软件包，该软件包也用于其他项目，例如  Human Proteome Folding。

该项目使用 BOINC 计算平台。您可以通过 BOINC 平台介绍页面以获得 BOINC 客户端的最新版本信息。BOINC 客户端适用于 Windows、Linux 和 Mac OSX 系统。Windows 用户请注意：您的 BOINC 客户端将使用几百个小时来完成您的第一个任务包。一个任务包在一个现代的 CPU 上计算完成需要 15 个小时左右。 如果您准备计算更多的任务包， BOINC 客户端将更加精确的显示出具体的计算时间。项目官方将于下周推出一个优化过的 Windows 下的计算版本。

欢迎您加入到项目论坛里参与讨论。您也可以查看项目进度。

本页注：翻译者——vmzy、碧城仙；页面来源。中国分布式计算总站 版权所有