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[项目新闻] [已结束][BOINC] [生命科学类] Docking@Home

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发表于 2006-9-14 08:16:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
http://docking.cis.udel.edu/

http://docking.utep.edu/

DAPLDS or Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System is a project that involves collaboration among the University of Texas - El Paso, The Scripps Research Institute (TSRI), and the University of California - Berkeley. This project, through implementation and use of a cyber tool, DAPLDS, that enables adaptive multi-scale modeling in a GC environment, will further knowledge of the atomic details of protein-ligand interactions and, by doing so, will accelerate the discovery of novel pharmaceuticals. The goals of the project are:

1. to explore the multi-scale nature of algorithmic adaptations in protein-ligand docking
2. to develop cyber infrastructures based on computational methods and models that efficiently accommodate these adaptations.

目前仍在alpha阶段,未开放注册。

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发表于 2006-9-14 13:15:08 | 显示全部楼层
郁闷 你们参加 那么多 的项目 有多少台机器一起算啊
 楼主| 发表于 2006-9-14 13:31:33 | 显示全部楼层
机器不多,但可以轮流算的,而且大部分项目也没怎么认真算:)
发表于 2006-9-15 12:21:33 | 显示全部楼层
引用 Youth 在 2006-9-14 13:31 时的帖子:
机器不多,但可以轮流算的,而且大部分项目也没怎么认真算:)

我則是選擇"重點項目"跑
(最近平均分爆漲的就是...)
有幾個計劃則是被我放棄了:P
 楼主| 发表于 2006-9-15 12:32:45 | 显示全部楼层
嗯,我也放弃了不少项目,要不就是觉得研究意义不大,要不就是觉得这个项目不会缺乏计算力,要不就是完全不感兴趣....
发表于 2006-9-20 23:10:51 | 显示全部楼层
我倒觉得跑多项目有些危险,万一Work接太多就麻烦了~
不过BOINC好象会控制WU的下载量是吗?

[ Last edited by 静思夜 on 2006-9-20 at 23:13 ]
 楼主| 发表于 2006-9-21 07:35:50 | 显示全部楼层
有一定的保护能力,但最好还是不要同时跑太多项目:)
发表于 2008-4-8 22:26:23 | 显示全部楼层
貌似网址已变更至  http://docking.cis.udel.edu/
目前还不能注册(需邀请)

[ 本帖最后由 Julian_Yuen 于 2008-4-8 22:27 编辑 ]
发表于 2008-4-21 01:15:00 | 显示全部楼层
我是个爱较真的主儿。这下跟FAH较上了。
 楼主| 发表于 2008-9-21 13:44:00 | 显示全部楼层

September 08, 2008 16:31:00 UTC

Docking@Home opens the creation of new accounts. Please go to the forum for discussions about the stability of the project: Moving to Beta

项目已经开放用户注册,请到官方论坛的下面这个主题中讨论项目的稳定性(该主题是在项目进入Beta测试阶段时开的,现在应该算是正式运行了):

http://docking.cis.udel.edu/forum_thread.php?id=323

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 楼主| 发表于 2008-9-21 15:47:00 | 显示全部楼层
我这边获取新任务时,下载过来的一堆小文件会报校验错误。。。
发表于 2008-9-21 15:53:35 | 显示全部楼层
下载出问题了。。无论是32位,还是64位上都不行,官网论坛上说文件签名改了,reattach 就行了,可怎么试都不行。。

  1. 2008/9/21 15:48:40|Docking@Home|Started download of charmm34_6.15_windows_x86_64
  2. 2008/9/21 15:48:40|Docking@Home|Started download of charmm34_6.15_graphics_windows_x86_64
  3. 2008/9/21 15:49:01|Docking@Home|Finished download of charmm34_6.15_graphics_windows_x86_64
  4. 2008/9/21 15:49:01|Docking@Home|Started download of 1d4h_mod0013sc_67924_220005.inp
  5. 2008/9/21 15:50:59|Docking@Home|Finished download of 1d4h_mod0013sc_67924_220005.inp
  6. 2008/9/21 15:50:59|Docking@Home|Started download of grid_probes.rtf
  7. 2008/9/21 15:51:03|Docking@Home|Finished download of grid_probes.rtf
  8. 2008/9/21 15:51:03|Docking@Home|Started download of lpdb_amino.rtf
  9. 2008/9/21 15:51:03|Docking@Home|[error] Checksum or signature error for grid_probes.rtf
  10. 2008/9/21 15:51:04|Docking@Home|Finished download of lpdb_amino.rtf
  11. 2008/9/21 15:51:04|Docking@Home|Started download of lpdb.prm
  12. 2008/9/21 15:51:04|Docking@Home|[error] Checksum or signature error for lpdb_amino.rtf
  13. 2008/9/21 15:51:05|Docking@Home|Finished download of lpdb.prm
  14. 2008/9/21 15:51:05|Docking@Home|Started download of lpdb_probes.prm
  15. 2008/9/21 15:51:05|Docking@Home|[error] Checksum or signature error for lpdb.prm
  16. 2008/9/21 15:51:07|Docking@Home|Finished download of lpdb_probes.prm
  17. 2008/9/21 15:51:07|Docking@Home|Started download of logo.jpg
  18. 2008/9/21 15:51:07|Docking@Home|[error] Checksum or signature error for lpdb_probes.prm
  19. 2008/9/21 15:51:11|Docking@Home|Finished download of logo.jpg
  20. 2008/9/21 15:51:11|Docking@Home|Started download of minus.jpg
  21. 2008/9/21 15:51:11|Docking@Home|[error] Checksum or signature error for logo.jpg
  22. 2008/9/21 15:51:12|Docking@Home|Finished download of minus.jpg
  23. 2008/9/21 15:51:12|Docking@Home|Started download of plus.jpg
  24. 2008/9/21 15:51:12|Docking@Home|[error] Checksum or signature error for minus.jpg
  25. 2008/9/21 15:51:13|Docking@Home|Finished download of plus.jpg
  26. 2008/9/21 15:51:13|Docking@Home|Started download of rotate_left.jpg
  27. 2008/9/21 15:51:13|Docking@Home|[error] Checksum or signature error for plus.jpg
  28. 2008/9/21 15:51:14|Docking@Home|Finished download of rotate_left.jpg
  29. 2008/9/21 15:51:14|Docking@Home|Started download of rotate_right.jpg
  30. 2008/9/21 15:51:14|Docking@Home|[error] Checksum or signature error for rotate_left.jpg
  31. 2008/9/21 15:51:15|Docking@Home|Finished download of rotate_right.jpg
  32. 2008/9/21 15:51:15|Docking@Home|Started download of helvetica.txf
  33. 2008/9/21 15:51:15|Docking@Home|[error] Checksum or signature error for rotate_right.jpg
  34. 2008/9/21 15:51:16|Docking@Home|Finished download of helvetica.txf
  35. 2008/9/21 15:51:16|Docking@Home|[error] Checksum or signature error for helvetica.txf
复制代码
 楼主| 发表于 2008-9-22 20:04:40 | 显示全部楼层

回复 #11 Youth 的帖子

下载出错的问题应该已经解决了,刚下载了两个任务,运行时消耗虚拟内存大概157M,预计完成时间一个多小时。
发表于 2008-9-23 01:24:02 | 显示全部楼层
原帖由 Youth 于 2008-9-22 20:04 发表
下载出错的问题应该已经解决了,刚下载了两个任务,运行时消耗虚拟内存大概157M,预计完成时间一个多小时。




显示的是1小时,实际是半小时就完成了。。。

PS:我为Team China 完成了第一个WU。。。得分13.11

[ 本帖最后由 welch 于 2008-9-23 01:42 编辑 ]
 楼主| 发表于 2008-9-23 08:06:21 | 显示全部楼层
我也刚上报了一个:)

上几张屏幕图:
Docking1.JPG
Docking2.JPG
Docking3.JPG
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