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发起中国首个生物信息网格计算项目:FightAids@china

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发表于 2004-8-16 00:00:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位如愿意加入团队,请到这里报名。

项目论坛已经开通,现在请各位团队成员到http://www.bioinfo.com.cn讨论论坛的分类和分区!

项目专用QQ群:5323536

目前成员(排名不分先后):

新新鱼类 (生物信息学/Java编程)
lgp211 (生物信息学)
hackerboy (分布式计算/Java编程)
wenmao (分布式计算)
其其 (分布式计算/C++编程)
碧城仙 (分布式计算/推广)
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春江花月狼 (分布式计算)
樱花cheese (生物信息学)
karlmu (分布式计算)
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lcl121 (分布式计算)
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tansangaita (分布式计算/C++编程)
gulize (生物技术)
饕餮圣者 (生物技术)
和平 (生物技术)
jasonccnu (物理)
eksy (病毒学)


合作伙伴:
X-Bio Explore Road团队    在HIV变异方面的生理过程建模与模拟仿真方面进行合作。
中国旅行商计算项目(TSPChina@home)  在分布式系统构建方面进行合作。
ChinaPI分布式计算项目 提供有关算法、代码优化、网络、代码共享方面的支持。

1.本项目的英文名称为FightAids@china,简称FAAC。中文名称为中国抗击爱滋病网格计算项目,简称抗艾计算
2.本项目为开放源代码项目
3.参加项目的人员为志愿者
4.本项目的属于纯公益性质的抗击爱滋病项目,本项目的研究成果属于深受爱滋病困扰的全人类
5.本项目是一个用计算机通过网络进行分布式计算的网格计算系统
6.本项目初步确定采用Linux/FreeBSD作为计算操作系统平台,客户端以Windows为主

本项目主攻方向分析

1.如果HIV在进入人体后,一直被某种药物阻拦而不能进入细胞,病毒如果不进入细胞,是不会发生复制的,也不用用药,很快就会死亡。
2.HIV通过与细胞融合完成感染细胞的过程,从此控制受感染细胞的生杀大权,因此通过抑制HIV与细胞融合,组织它进入细胞,也可以达到抑制HIV的目的,这就是治疗AIDS的新药-HIV融合抑制剂的出现,T-20是第一种HIV融合抑制剂。
3.通过计算机寻找新的融合抑制剂
4.鸡尾酒疗法可以将体内的病毒控制到几乎检测不出的水平,但是鸡尾酒疗法只能清除细胞外的病毒,细胞内的病毒,由于药物无法进入细胞,而没有办法消灭。病毒受药物抑制后指令被它控制的细胞进入休眠状态,潜伏起来逃避被追杀
5.理论上,目前的鸡尾酒疗法是可以彻底清除体内的HIV病毒,但前提是你必须坚持连续服用鸡尾酒60年之久,等到休眠的受感染细胞老死。
6.在休眠状态下,受感染HIV细胞可以存活五、六十年.如果能唤醒休眠的被感染细胞,让它加快代谢进程,尽快死亡,同时继续抑制潜伏于细胞内HIV病毒不再感染其它细胞,理论上可以提前彻底清除人体内的病毒
7.人体的HALP基因,是HIV病毒在受到鸡尾酒疗法之类药物抑制后,帮助HIV病毒控制细胞潜伏起来的帮凶
8.通过计算机分析HALP基因,模拟HALP基因的突变,可以寻找唤醒潜伏被感染细胞的方法
9.HIV在每一次的复制过程中都要产生基因复制错误,每天10亿次的基因复制错误令病毒快速变异,时时改头换面,不能被人体免疫系统认出
10.如果能够帮助HIV,确保在它的基因复制过程中有一定的质量保证,不再出错,则理论上可以避免HIV的因变异而产生抗药性,彻底消灭它
11.用计算机为HIV的进化建模,可以寻找对付HIV病毒抗药性的方法
12.HIV通过逆转录酶、蛋白酶及整合酶完成病毒复制,目前的爱滋病药物主要是通过抑制这三种酶的其中一种来阻止HIV完成病毒复制
13.在HIV刚刚进入人体的短时间内,可以通过服用阻断药阻碍病毒大量复制,从而减低人体感染HIV的机率
14.采用DOCK方法,通过计算机寻找新的酶抑制剂
15.人体的CCR5基因是"引清兵入关"的"吴三桂",如果该基因发生突变,HIV病毒就不能进入人体细胞。如果通过人为的基因疗法引发CCR5基因突变,则可以让HIV对细胞无从下手,因无法感染人体细胞而郁闷至死
16.通过计算机进行CCR5的基因分析,模拟CCR5的基因突变,寻求切断CCR5受体的细胞感染途径

各位如愿意加入团队,请到这里报名。

[此贴子已经被作者于2004-9-21 2:15:08编辑过]
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 楼主| 发表于 2004-8-16 00:00:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
感谢支持,大家一起努力!
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发表于 2004-8-16 00:00:00 | 显示全部楼层
值得鼓励!
祝早日成功!
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头像被屏蔽
发表于 2004-8-20 00:00:00 | 显示全部楼层
提示: 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽
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发表于 2004-8-20 00:00:00 | 显示全部楼层
好,努力做好宣传,要像计生一样深入广大的山区
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发表于 2004-8-20 00:00:00 | 显示全部楼层
努力努力……
加油加油!
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发表于 2004-8-20 00:00:00 | 显示全部楼层
新新鱼类已经有自己的网站空间了吗?如果没有我们可以提供哦,在总顶帖里。
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 楼主| 发表于 2004-8-21 00:00:00 | 显示全部楼层
谢谢大家,谢谢站长!
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发表于 2004-8-22 00:00:00 | 显示全部楼层
我来报个名
本科是生物技术,开学是大三
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 楼主| 发表于 2004-8-22 00:00:00 | 显示全部楼层
欢迎gulize加入我们的团队!
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发表于 2004-8-25 00:00:00 | 显示全部楼层
http://chemport.ipe.ac.cn/ListPageC/L46.shtml
大量的生物化学类的模拟研究软件,去看看去,说不定会有收获。

转一下文件列表:

3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)(免费)
AMBER (分子力学力场模拟程序)
autodock (分子对接软件)(免费)
GROMACS (分子动力学软件)(免费)
GULP (General Utility Lattice Program)(免费)
NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web)
X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)(免费)
计算材料科学Mathub
C4:Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费)
Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment (三维蛋白质结构对比)(免费)
DPD应用软件cerius2(免费)
MARVIN'S PROGRAM (表面与界面模拟)(免费)
量子化学软件中文网
美国斯克利普斯研究院:金属蛋白质结构和设计项目(免费)
美国斯坦福大学:Folding@Home (蛋白质折叠的分布计算项目)(免费)
3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术)
3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D分子对接)(免费)
AMSOL (半经验量子化学计算)(免费)
Amsterdam Density Functional (ADF, 第一原理电子结构计算)
Bilbao晶体学服务器(免费)
BOSS (蒙特卡罗模拟软件)
CADPAC (剑桥量子化学计算软件)(免费)
Car-Parrinello分子动力学(CPMD, ab-initio分子动力学计算软件)(免费)
CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)(部分免费)
Chem2Pac package (A computational Chemistry Integrator)(免费)
ChemTK Lite (QSAR软件)(免费)
Chemweb计算化学在线工具:GAMESS(免费)
Clebsch-O-Matic (在线计算器)(免费)
Collaborative Computational Projects (协同计算计划)
COLUMBUS (量化从头计算分子电子结构程序集)(免费)
CrystalMaker Software (晶体结构可视化软件)
Democritus (分子动力学原理演示软件)
DL_POLY (分子动力学模拟软件)(免费)
DockVision (分子对接程序)(部分免费)
DPMTA (分子动力学并行模拟软件)(免费)
Dr. Pablo Wessig 研究小组开发的计算化学软件(免费)
eHiTS: Electronic High Throughput Screening
EMSL Gaussian Basis Set Order Form(免费)
GAMESS-UK (分子电子结构计算软件)
GAMESS: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System(免费)
Genebrowser (生物技术、基因治疗资源导航)
Glide (分子对接程序)
GROMOS (通用分子动力学软件包)(部分免费)
HyperChem (分子模拟)
Interprobe Chemical Services (分子模型化软件)
Jmol (分子可视化软件)(免费)
MacroModel (分子力学计算程序)
MARDIGRAS和CORMA (弛豫矩阵分析)(免费)
MCPRO (用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件)
MDRANGE (分子动力学计算ion ranges)(免费)
MDynaMix (分子动力学计算软件)(免费)
MidasPlus (分子建模软件, 美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图形实验室开发)
MOE(分子模拟应用环境、方法开发平台)
MOLMOL (生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析)(免费)
MolPOV 2.0.8 (一个将PDB文件转为POV-Ray文件的软件)(免费)
MOLPRO 量子化学软件包 (用量化从头方法计算分子电子结构)(免费)
Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序)
NAMD (并行分子动力学计算软件)(免费)
Norgwyn Montgomery (化学软件公司)
NWChem (计算化学软件包)
OpenEye (快速计算分子的静电性质、形状)
ORAC (用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序, 意大利佛罗伦萨大学)(免费)
ORTEP-III (美国橡树岭国家实验室晶体结构可视化--热椭圆体绘图程序)(免费)
PAPA (计算粒状物料的三维并行分子动力学计算程序)(免费)
PharmTree (3D药效团生成和化合物分类)
Pipeline Pilot (药物发现集成平台)
PMDS (并行分子动力学模板库)(免费)
Protein Domain Motion Analysis Software: DynDom (蛋白质分析软件)(免费)
ProtoMol (分子动力学并行计算软件)(免费)
PSI3量子化学软件包(量化从头计算)(免费)
Q-Chem (量子化学计算软件包)
SGI应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品
SIGMA (分子动力学相关软件)
SimBioSys (药物设计软件SPROUT)
SMILECAS 数据库 (描述分子结构、子结构和复合结构的线性编码系统)
SURFNET (量子化学计算程序)(免费)
Sweet (依据标准命名方法和分子顺序建立糖类三维模型)
Swiss PDB Viewer (PDB蛋白质结构可视化软件)
SYBYL/Base(分子模拟和药物发现平台)
TINKER (分子设计软件)(免费)
UCSF Chimera (可扩展的, 交互式分子图形程序)(免费)
VAMP/VASP (采用从头计算量子力学的分子力学)(免费)
VHMPT (螺旋膜蛋白拓扑结构显示与编辑程序)(免费)
Virtual Molecular Dynamics Laboratory (分子动力学软件)(免费)
voidoo(空腔探测软件)(免费)
WAM: Web Antibody Modeling (抗体模型构建)(部分免费)
WebMO (基于3W界面的计算化学软件包)(免费)
XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费)
并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD(免费)
大分子对接程序Hex(免费)
大规模原子(分子)并行模拟器 LAMMPS(免费)
单晶和粉末衍射合作计算项目开发的免费软件(CCP14)(免费)
蛋白质分子动力学模拟软件:CONCOORD(免费)
蛋白质模拟资源导航,美国橡树岭国家实验室ORNL
分子的物理化学性质在线计算 (用在基于结构的药物设计, 可计算logP, PSA,等)(免费)
化合物3D结构VRML文件的自动生成(免费)
化学中的常用计算机软件与资源(免费)
化学资源工具箱(免费)
可下载的教学软件(伦敦大学玛丽女王学院化学系提供)(免费)
美国华盛顿州立大学化学系:无机化学教学资源
美国加州大学圣地亚哥分校所开发的化学软件 (化学反应计算、分子建模和可视化)
美国康奈尔大学理论中心计算生物服务单元提供的免费软件 (计算生物与化学方面)(免费)
美国马里兰大学:生物技术研究所Gilson研究小组
美国能源部Ames实验室:经典分子动力学软件AL_CMD(免费)
免费远程计算:贵州大学GHPCC量子化学从头计算系统(免费)
模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序EGO(免费)
牛津大学:抗癌药物分布式计算项目 Screensaver Lifesaver
欧洲科学基金资助项目:分子模拟所面临的挑战 (Simu: Challenges in Molecular Simulations)   
生物大分子结构分析和确认系列软件(美国加州大学圣地亚哥分校大分子结构计算研究中心开发)(免费)
牙买加西印度大学Mona分校化学系所开发的免费软件(免费)
应用于双原子分子的数值Hartree-Fock程序(免费)
原子轨道3维模拟演示
海域对流层气溶胶化学箱状模型(MOCCA, 源代码)
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发表于 2004-8-25 00:00:00 | 显示全部楼层
要是有源代码就好了
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 楼主| 发表于 2004-8-27 00:00:00 | 显示全部楼层
圣者有兴趣加入吗?
生物技术方面,你可以帮到我们
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发表于 2004-8-29 00:00:00 | 显示全部楼层
如果你是使用QQ2004版,是有这个毛病,要通过注册向导重新登陆才出现新加的QQ群。
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发表于 2004-9-3 00:00:00 | 显示全部楼层
我也报~
我选生物.高三
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