48核机器，真是算WCG的神器啊。

xwnewsxw0111 · 发表于 2011-3-4 09:28:59

对于GPU如此的物理，我无奈~你们懂的！

barenboim · 发表于 2011-3-4 10:52:27

懂个P！不懂！

xwnewsxw0111 · 发表于 2011-3-8 08:56:59

这么粗鲁。。。

BJ4501 · 发表于 2011-3-8 14:07:36

48核大概能多少钱？

xuyongchen · 发表于 2011-3-8 15:18:45

48个核心，很彪悍。。。。我直接表示我家的机子加起来还没有这么多线程。。。。连24个线程都不到。。。

nekoko · 发表于 2011-3-8 17:21:39

回复 19# BJ4501

20W以上吧……平均每个核至少4000大米，家用机平均水准也就1000一个核，所以说这种机器除了省地方以外毫无性价比可言……
当然，跑velvet这样的大内存程序，不用这个是不行的，于是……

muclemanxb · 发表于 2011-3-27 00:38:39

不知道48核的这个账号是什么，很好奇他的PPD是多少

nekoko · 发表于 2011-4-12 09:43:19

本帖最后由 nekoko 于 2011-4-12 10:15 编辑

项目组新上了这么一台类似的，dell R910，XeonE7系列具体型号不详，4路32核，512G内存，不过是公用的设备，而且加入了PBS群集，所以只能看着眼馋……

科普一下此机器的主要用途：高通量基因组测序数据的Quality Correction以及Assembly。
所谓高通量测序就是将DNA打散成100个碱基左右的短序列，然后用薄膜固定，在薄膜表面进行群集化的PCR，随反应进行拍照，就得到了“一群”测序数据
目前以Solexa和Roche454的技术为主（国内无有企业做这个技术研发……感到很无奈不得不给美国佬送钱，在生物医药方面咱们中国输的不是学术而是技术……就如同分布式在国内的状况一样，参与的少，懂得更少，想自己搭一个项目连团队都组不起来……还得去CERN请人……）
这台机器的功能就是把所有的打散的序列重新组合成完整的基因组，因为序列是随机被打散的，所以在运行的时候需要把所有的测序的序列都读入内存，跑de brujin，因此都是非常吃内存的工作
目前在做的某物种的转录组在assembly阶段要吃120G的内存，而机器是公用的，所以之前的一台256G的机器被一帮人跑得天天死机，于是头儿一气之下就上了这个

另外偷偷透露一下价钱：25W（果然毫无性价比）

Schumacher · 发表于 2011-4-12 13:16:25

有钱

jpegreader · 发表于 2011-4-12 13:28:50

回复 23# nekoko

大大能否透露下你在哪个单位工作？听起来似乎是国内顶级科研单位……
另外我还有几个疑问：既然GPU如此强大，怎么许多分布式计算项目都不支持GPU？是开发难度大的原因吗？如果一块480就能秒杀这台机器，那开发CUDA程序不就可以把目前WCG的算力提升数十倍！原来跑上几年的项目现在几个月就能解决了！
另外，既然用这种多路服务器性价比很低，那用怎样的组合性价比才高？

hsl1993422 · 发表于 2011-4-12 14:12:12

回复 25# jpegreader

他工作单位我知道嘿嘿不过还是让他自己说吧

gpu不是万能的，而且gpu有很多瓶颈基因组测序这种大数据流的项目gpu根本没法参与
显卡显存才多大一点啊

nekoko · 发表于 2011-4-12 15:03:55

回复 25# jpegreader

他不说我也不说~~不说不说不说~~\

/
GPU编程很困难，或者是说现在会的人太少……我一直想学不过总是被各种技术与知识的门槛拦住……
最好的还是分布式~~比如Hadoop

nekoko · 发表于 2011-5-2 16:30:02

最近看了看AMD的这堆东西，有点动心哦~
攒钱，等推土机核心的42xx出来了，看看能不能搞个超低功耗的双路16核

panda7456 · 发表于 2011-5-2 18:27:56

回复 28# nekoko
到底是什么单位呢

好奇中。。

xuyongchen · 发表于 2011-5-2 18:33:44

搞基（因）的单位~

AMD的推土机我也很动心，希望今年早点用在笔记本上，搞一台跑跑~

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