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[新闻] 【生物360】强大软件Phenix揭示“分子机器”的秘密

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发表于 2014-12-24 23:29:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 swh@home 于 2014-12-24 23:33 编辑

强大软件Phenix揭示“分子机器”的秘密

2014-12-24 www.bio360.net 来源:生物360 作者:koo

图片说明:A membrane protein called cysZ, imaged in three dimensions with Phenix software, using data that could not previously be analyzed (credit: Los Alamos National Laboratory)

美国洛斯阿拉莫斯国家实验室的科学家Tom Terwilliger说:“我们身体中的每个细胞和每个细菌、每个病毒中都有微小而复杂的蛋白质分子,它们合成化学物质、复制遗传物质,彼此打开和关闭,并将化学物质运输通过细胞膜。了解所有这些分子机器如何运作,是开发新疗法用以治疗遗传性疾病、以及开发新方法来制造有用材料的关键。”

为了了解一种分子机器是如何运作的,你必须能够看到它们是如何组合在一起的,所有的部分如何组装在一起。这就是洛斯阿拉莫斯国家实验室的研究所在。这些分子机器很小:一百万个分子机器并排放置,只占用小于一英寸的空间。然而,研究人员可以用X射线、晶体和计算机看到它们。研究人员产生了一种蛋白质机器的数十亿个拷贝,将它们溶于水,并培养蛋白质晶体,就像培养糖晶体那样,只是这种分子机器要大于一个糖分子。

然后,他们用一束X射线照射晶体,并测量所产生的数千个衍射X射线点的亮度。然后,研究人员使用洛斯阿拉莫斯国家实验室、劳伦斯伯克利国家实验室(LBNL)、杜克大学和剑桥大学科学家开发的强大Phenix软件,来分析衍射斑点,并产生了一个单一蛋白质机器的三维图片。这副图片可确切地告诉研究人员蛋白质机器是如何组合在一起的。


最近,洛斯阿拉莫斯国家实验室科学家与LBNL和剑桥大学的同事合作,使得可视化一种分子机器变得更加容易。在12月22日《Nature Methods》发表的一篇报道中,洛斯阿拉莫斯国家实验室科学家及其研究小组表明,他们可以利用以前无法进行分析的X射线衍射斑点,获得分子机器的三维图像。

一些分子机器包含一些金属原子或其他原子,这些原子衍射X射线与碳、氧、氮和氢原子(构成了蛋白质中大多数的原子)不同。Phenix软件首先发现了这些金属原子,然后利用它们的位置去寻找其他原子。然而,对于大多数的分子机器来说,金属原子必须被人为地纳入分子机器以使其都能够运作。

洛斯阿拉莫斯国家实验室科学家的这一最新进展表明,这种强大的统计方法可以应用于寻找金属原子,即使它们与其他原子散射X射线非常地不同。甚至像硫这样的金属原子(是几乎所有蛋白质的自然部分)都可以被发现,并被用来产生一种蛋白质的三维图像。既然有可能看到一种蛋白质的三维图像,而无需人为地将金属原子纳入它们,那么我们应该能研究更多的分子机器。


最近在三维细节上所观察到的分子机器,包括一个“巨大”的分子机器称为Cascade,在今年夏天已经发表在《Science》杂志。Cascade机器存在于细菌中,可识别来自于感染细菌的病毒的DNA。Cascade机器是由11个蛋白质和一个RNA分子构成,看起来就像一个海马,RNA分子蜿蜒穿过海马的整个“身体”。如果细菌细胞中的一段外源DNA,与RNA分子的一部分互补,那么另一个专门的机器就可以找到并切割这段外源DNA,使细菌免于感染。

Phenix软件的开发者——洛斯阿拉莫斯国家实验室和剑桥大学科学家,属于首次可视化这种蛋白机器的一个研究小组。Phenix软件已被用来确定超过15,000种不同蛋白质机器的三维形状,这个软件已被超过5000家科学刊物引用。


原文检索:

Gábor Bunkóczi, Airlie J McCoy, Nathaniel Echols, Ralf W Grosse-Kunstleve, Paul D Adams, James M Holton, Randy J Read, Thomas C Terwilliger.Macromolecular X-ray structure determination using weak, single-wavelength anomalous data. Nature Methods, 2014; DOI: 10.1038/nmeth.3212

标签  PHENIX 分子机器

知识共享许可协议 转载需注明原文出处:http://www.bio360.net/news/show/12670.html

相关网址:

http://www.kurzweilai.net/hidden-molecular-structures-in-proteins-revealed

http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3212.html

Phenix software uses X-ray diffraction spots to produce 3-D image
http://www.lanl.gov/discover/news-release-archive/2014/December/12.22-molecular-machines.php

  Python-based Hierarchical ENvironment for Integrated Xtallography
http://www.phenix-online.org/





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