【生命科学及其他】DENIS@home

昂宿星团人

项目名称：DENIS@home
项目网站：http://denis.usj.es/en_US/ （可能需要翻墙）
开发者：来自西班牙萨拉戈萨圣乔治大学建筑与科技学院的一个研究团队（a team based at the School of Architecture and Technology at San Jorge University）
平台：BOINC
上线时间：2015.03.20
项目介绍：
电生理学模型是研究细胞在正常与异常情况下活动情况的强大工具，并且还可以帮助预测药物对心脑细胞的作用。但是此类模型不但本身非常复杂，且在实际应用中，往往还要连续进行数次模拟（针对不同环境或参数）。因此，该领域的研究者常常需要大量的计算能力。我们建立DENIS就是为了向研究者提供一个计算平台。您可以在Science页面读到关于研究内容的更多信息。
项目名称的含义：
Distributed Computing             分布式计算
Electrophysiological Models      电生理学模型
Networking Collaboration         网络协作
In Silico Research                   以计算机为平台进行研究
Sharing Knowledge                 共享知识

昂宿星团人

明天施工施工完毕
2018-03-19: DENIS@Home, Re-starting the project!

Dear all,
Thank you very much everyone for your patient wait. I'm writting to you to give you good news. We sent an small block of tasks to check if all is working well this Friday. Little by little, we will send more task. It seems that everything is working well but we want to go slowly to ensure each step. We have still some things to improve but now we can say that we are back!

Many thank you for your collaboration
Jesus.

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2018-03-19: DENIS@Home,项目重启！
亲爱的各位算友，
非常感谢大家的耐心等待，告诉大家一个好消息：我们上周五发送了一小部分任务，以确认整个项目没有问题。今后，我们会慢慢增加发放的任务量。看起来一切都运转的非常好，不过我们还是希望稳扎稳打，确保每一步都走扎实。虽然目前仍有一些问题需要改进，不过我们现在可以自信满满地告诉大家：“我们回来了！”
在此感谢各位的协助
Jesus

段小猫

大山项目又复活了？

昂宿星团人

段小猫 发表于 2018-3-21 13:24
大山项目又复活了？

为什么叫大山呐

freestman

昂宿星团人 发表于 2018-3-21 19:53
为什么叫大山呐

看签名从这↓往下看

昂宿星团人

freestman 发表于 2018-3-22 22:22
看签名从这↓往下看

臣妾get不到啊（掩面

段小猫

昂宿星团人 发表于 2018-3-22 23:03
臣妾get不到啊（掩面

这个项目的终极徽章是个山

昴宿星团人

段小猫 发表于 2018-3-23 15:54
这个项目的终极徽章是个山

懂了。。

昴宿星团人

2018-03-23: DENIS@Home, HTTPS in the server

Dear volunteers,
As you requested to us, DENIS@home is now working under HTTPS. If you have experienced problems in the last few hours it may be due to the change. It is possible that there is some detail to be modified, but it should be working correctly.

Previous URLs are still working and redirect to the HTTPS version, so you don't need to change the URL of the project.

If boinc manager tells you that you have to remove the project and add it again, it is not necessary. There was a time during which the URL was different but it is already the same.

Don't hesitate to contact us if you detect something that is not working well.

Best regards,
Jes


http://denis.usj.es/denisathome/forum_thread.php?id=160
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2018-03-23: DENIS@Home, 服务器的HTTPS协议
亲爱的志愿者们，
如各位所愿DENIS@Home 现在已经运作在HTTPS协议上。如果您在近几个小时中遇到了问题，原因应该就是协议的切换。可能有些细节出现了变动，不过整体运作起来应该是没有问题的。
之前的URL 仍然有效，不过已经重定向至HTTPS 版，所以您不必在BOINC中更改项目地址。
如果BOINC客户端要求您重新添加项目，不用鸟他。刚切换那时有一小段时间URL 是不一致的，不过现在已经没这个问题了。
如果您发现任何异常，请及时与我们取得联系。
祝各位算好，
Jes

昴宿星团人

2018-03-23: DENIS@Home, Problems in the server

Dear volunteers,
We have experienced problems on the server and we had to restore the last backup. Thanks to the new backup system, the loss was only of 18 hours. The last messages in the forums will be missing and may be there will be problems with the tasks of this last day. We hope everything returns to normal as soon as possible.

Sorry for the inconvenience.

Best regards,
Jes

http://denis.usj.es/denisathome/forum_thread.php?id=159
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2018-03-23: DENIS@Home,服务器的问题
亲爱的志愿者们，
我们的服务器出了点问题，所以我们得对服务器进行回档处理。多亏了新的备份系统，我们只丢失了18小时的数据。这期间发在论坛里的帖子可能会丢失，且今天发放的任务会出点问题。我们希望一切尽快回到正轨上。
我们对造成的不便表示抱歉。
祝各位算好，
Jes

昂宿星团人

2018-03-28: DENIS@Home, Thanks to beta testers

Dear volunteers,
The role of beta tester is crucial for the development of this project. They compute when errors can easily occur and risking not getting a reward in the form of credits. From today, we want to thank all these volunteers a little more for their work and we want to do it in a public way. We have added a new badge for Beta testers and a new classification with the credit obtained in beta applications (http://denis.usj.es/denisathome/top_beta_users.php). Now you can identify them easily.

Thank you very much for your commitment to the project.

Best,
Jes

» Original article

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2018-03-28: DENIS@Home, 感谢各位参加测试的同志们
亲爱的志愿者们：
公测的参与者在我们的开发工作中扮演着至关重要的角色。他们无私的计算为我们及时发现错误与隐患提供了很多帮助。在这里，我想对所有这些志愿者们说一声谢谢。我们为测试者们新做了一枚公测参与者专享奖牌，并且我们会将测试期间的分数独立出来进行统计。
再次感谢各位对项目的贡献。
祝各位算好
Jes

qysnn

DENIS@home网站目前似乎需要HTTPS才能访问：https://denis.usj.es/en_US/denishome/

qysnn

2023年6月20日
亲爱的志愿者们，

我写信来向您更新项目的进展和我们所获得的结果。

首先，我们正在开发的新模型的优化已经完成（我们发布的第一个版本）。不幸的是，结果并不如预期。优化效果非常好，许多标记已经得到改善，但我们试图修复的模型问题之一在优化后又重新出现了。我们认为我们了解问题出现的原因以及为什么似乎已修复，但实际上没有。如果我们是正确的，这将需要重新思考模型并重新开始。在重新开始之前，我们正在测试各种优化设置，以尝试在问题再次出现之前优化模型。我们不确定它是否会奏效（这是科学），但在我们不得不重新开始之前，我们想测试这个选项。

另一方面，您中的一些人已经注意到，我们正在Beta版本中发布工作。我们的一个悬而未决的项目是不仅使用DENIS来改进我们正在开发的模型，还要尝试改进其他现有的模型。让我们从项目的这一部分开始。目前，我们将使用O'Hara和Rudy模型，这是研究中最常用的模型之一。我们发布了Beta版本的模拟，因为我们以前从未在DENIS中测试过这个模型，但它们将很快在HuVeMOp中发布。

最后，您可能已经注意到我们最近几次已经用完了空间：模拟数量的增加需要更快的速度来获取结果并进行后处理。我们正在进一步自动化这些过程，以便继续增长。

非常感谢您对该项目的支持，我们将随时向您通报新的进展。

诚挚地，

panda7456

项目状态更新｜Project status update
发表于2024年1月12日

Dear volunteers,
亲爱的志愿者，

I am writing to update you on how the different experiments we had launched have been going and the next steps we will take.
这封信是为了向您更新一下我们现在已启动的不同实验的进展情况与我们将要采取的后续步骤。

On the one hand, we have finished (at least temporarily) the optimization of our model. As we had already told you, with the results that you have sent us, we managed to greatly improve how our model represented different physiological markers, but a problem that we thought we had solved had reappeared. We have tried different options but it reappeared in all of them. That forces us to stop and take steps back in the definition of the model, so, for the moment, we will not be launching new simulations in NHuVe.
一方面，我们已经（至少暂时）完成了模型的优化。 正如我们已经说过的那样，根据您发送给我们的结果，我们设法极大地提升了我们的模型表示不同生理标记的能力，但我们认为已经解决的一个问题又出现了。 我们尝试了不同的选项，但问题在所有选项中都会出现。 这迫使我们停下来并在模型的定义中后退一步，因此，目前我们不会在 NHuVe 中启动新的模拟。
*（译者注1：新型人类心室细胞模型（New human ventricular cell model, NHuVe）：开发 Carro 等人于2011年所提出模型的新版本，请参见：https://denis.usj.es/denisathome/projects.php#NHuVe）

On the other hand, as we had told you, we are trying to use our optimization algorithm in another existing model. The results seem to be very good, but we have to work in parallel on their validation.
另一方面，正如我们告诉您的，我们正在尝试在另一个现有模型中使用我们的优化算法。 结果似乎非常好，但我们必须同时进行验证。

In the coming weeks we will be working on requesting funding from the Government of Aragon for a new research project that will use DENIS as a computing platform, so you may have noticed that our activity has decreased a little. If this goes well (hopefully!) we will keep you informed, but keep in mind that these things are slow so the answer will take months to arrive.
在接下来的几周内，我们将努力向阿拉贡政府申请资金用于一个新的研究项目，该项目将使用 DENIS 作为计算平台，因此您可能已经注意到我们的活动有所减少。 如果进展顺利（希望如此！），我们会随时通知您，但请记住，这些事情进展缓慢，因此需要几个月的时间才能得到答案。
*（译者注2：阿拉贡Aragon是西班牙东北部的一个自治区，项目主办方Universidad San Jorge位于该区域的萨拉戈萨Zaragoza省）


Thank you all very much for staying there and for your support.
非常感谢大家的坚守和支持。

Sincerely,
真挚地，
Jesus.
12 Jan 2024

panda7456

硬盘空间危机已解决 | Hard drive space crisis solved
发表于2024年3月13日

Dear volunteers,
亲爱的志愿者们，

This weekend we have broken a new record for computing Teraflops (since we are in this new stage of the project). This is thanks to the pace of sending results that you have been doing in recent days and being more stable in the generation of work packages.
本周末，我们打破了计算 Teraflops 的新记录（因为我们正处于该项目的新阶段）。 这要归功于你们最近几天发送结果的速度以及工作包的生成更加稳定。

Although we were monitoring it, the coincidence of this peak with the database backup on the weekend has caused the hard drive to become saturated sooner than expected. We have been working since Monday on moving data out of the server and even other processes, but as we gained space it kept filling up with results that were pending upload.
尽管我们一直在监控，但这个峰值与周末的数据库备份同时发生，导致硬盘比预期更快地饱和。 自周一以来，我们一直致力于将数据移出服务器甚至其他进程，但我们新获得的磁盘空间会不断地被等待上传的结果填满。

This morning, for the first time in two days, more tasks have been validated than have been received and little by little normality will return. At first, it doesn't seem like anything has been lost and we are already submitting work again.
今天早上，是两天来第一次，经验证的任务多于了收到的任务，会逐渐恢复正常。 一开始似乎没有丢失任何东西，我们已经再次提交工作包。

We have expanded the space to receive results and are working on automating some of the tasks to ensure we can continue to grow.
我们扩大了接收结果的空间，并正在努力实现一些任务的自动化，以确保我们能够继续发展。

Thank you all very much, if we have this type of problems it is because of the great support you give us, we will continue working to grow by your side.
非常感谢大家，如果我们遇到此类问题，那是因为你们给予我们的大力支持，我们将继续努力与你们一起成长。

Sorry for not answering in the forums, and thank you very much for be aware of the evolution.
很抱歉没有在论坛中回复，非常感谢您了解这一事态的进展情况。

All the best,
一切顺利，
Jesus.