FightMalaria@Home

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FightMalaria@Home

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FightMalaria@Home logo
无屏保

开发者 Anthony Chubb, UCD

Kevin O'Brien, UCD Alessandra Bianchin, UCD Peter Lavin, TCD Catherine Mooney, UCD Marian Brennan, RCSI Fergal Duffy, UCD Angus Bell, TCD Denis Shields, UCD Bob O'Brien, RCSI Simon Wielens, Fidelity Investment Systems Gianluca Pollastri, UCD Eamonn Kenny, TCD

版本历史 Microsoft Windows (98 or later) running on an Intel x86-compatible CPU 3.01 2 Dec 2012, 17:54:53 UTC Linux running on an Intel x86-compatible CPU 3.01 2 Dec 2012, 18:00:01 UTC Mac OS 10.4 or later running on Intel 3.01 2 Dec 2012, 18:00:04 UTC
运算平台 WindowsMac OS XLinux
项目平台 BOINC
程序情况
任务情况
项目状态 运行中/开放注册
项目类别 生命科学
优化程序
计算特点 CPU密集: 是

支持0分享率

支持GPU计算

官方网址 FightMalaria@Home
http://www.fight-malaria.org/ 通过 RSS 获取项目新闻


关于FightMalaria@Home计划

我们正在开发一个分布式计算项目,用来将已知的候选化合物与疟疾的蛋白质模型进行结合测试,以此列出一系列新奇的目标化合物用以进一步研究。

项目关注的焦点在于发现新奇的治疗药物。开始时,我们会对所有候选化合物与所有的疟原虫蛋白质模型进行结合测试。这应该会为我们提供一份全新的需要在实验室里做进一步研究与确认的候选靶蛋白【译注1】的名单。一旦这些蛋白被确认,大家的计算资源就可以集中力量去发现高效抑制物和开发新型药物了。为了这关键的确认阶段,我们需要世界各地研究团队的鼎力相助,所以我们的所有数据都会在互联网上免费分享给大家。

为了回答我们的第一个问题,我们将需要进行3亿多次的模拟结合。这显然需要难以置信的惊人计算能力,因此我们需要联合世界上闲置的CPU资源。而BOINC是一个成熟的贡献闲置计算时间的平台(索尼甚至将BOINC作为新VAIO电脑的标准自带程序)。

在我们这个项目之前,已经有人发起过fightHIV@home,Africa@home以及GoFightAgainstMalaria等众多类似的分布式计算项目。现在,破解难题的线索都已俱备,其中包括“公开蛋白质组信息(Integr8【译注2】)”,“候选名单(MMV,ChEMBL【译注3】),X射线晶体结构(PDB【译注4】),使用MODELLER或DISTILL的疟疾蛋白质模型,化合物数据库(ZINC,PubChem),对接程序(AutoDock VINA,eHiTS),以及分布式计算平台(BOINC)。当前的挑战包括如何联合这些资源以及如何让公众参与其中。

所有的数据都将在我们的网站上(并且有望同样地在Tropical Diseases Initiative网站上)免费发布,以鼓励其他的热带疾病研究者去进一步验证我们所得到的“化合物-蛋白质”组合中的相互作用情况,兴许能够确认这些新奇的药物。

非常感谢来自SimBioSys的Aniko Simon,因为他专门对SimBioSys的eHiTS程序进行了针对FightMalaria@Home的优化。

未来用以确认目标蛋白的资金将会来自于像“比尔与梅琳达盖茨基金会”这样的慈善机构。拥有利用闲置计算资源的额外好处就是我们也许能为先前那些特征不明的假想蛋白找到潜在配体【译注5】。


译注

【译注1】靶蛋白即药物作用的目标蛋白。

【译注2】该数据库现已停止更新。

【译注3】ChEMBL是一个由欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI)负责维护的开放性数据库,其中包括大量的有生物活性的类药性化合物的结合域、功能域和与ADMET信息有关的内容。该网站于2012年在MMV(疟疾药物开发组织)的赞助下启动了名为“Malaria Data”的数据查询服务,专门提供疟疾相关的数据。关于该数据库的详细信息,请移步维基百科(英文):http://en.wikipedia.org/wiki/ChEMBL

【译注4】蛋白质数据库(Protein Data Bank,简称PDB)是一个专门收录蛋白质及核酸的三维结构资料的数据库。这些资料和数据一般是世界各地的结构生物学家经由X射线晶体学或NMR光谱学实验所得,并释放到公有领域供公众免费使用。来源:维基百科(英文):http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank

【译注5】配体,本文中指能对该蛋白产生作用的物质,即治疗疟疾的药物。详见维基百科(英文):http://en.wikipedia.org/wiki/Ligand_(biochemistry)


如何加入项目

该项目基于 BOINC 平台,简要的加入步骤如下(已完成的步骤可直接跳过):

  1. 下载并安装 BOINC 的客户端软件(官方下载页面程序下载
  2. 点击客户端简易视图下的“Add Project”按钮,或高级视图下菜单中的“工具->加入项目”,将显示向导对话框
  3. 点击下一步后在项目列表中找到并单击选中 FightMalaria@Home 项目(如未显示该项目,则在编辑框中输入项目网址:http://boinc.ucd.ie/fmah/ ),然后点击下一步
  4. 输入您可用的电子邮件地址,并设置您在该项目的登录密码(并非您的电子邮件密码)
  5. 再次点击下一步,如项目服务器工作正常(并且有适合自身操作系统的计算程序),即已成功加入项目

更详细的加入方法说明,请访问 BOINC 新手指南BOINC 使用教程

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