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新的蛋白质折叠项目——“Rosetta@home”

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发表于 2005-9-24 21:54:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
中文介绍页面见:http://www.equn.com/distributed/ap-lsciences.html#rosetta
英文介绍页面见:http://distributedcomputing.info/ap-lsciences.html#rosetta

介绍如下:
  
      帮助 Rosetta@home “预测并设计蛋白质结构、了解蛋白质与蛋白质之间的以及蛋白质自身之间的相互作用”,为了“增强预测和设计蛋白质结构及其复合体的技术的准确性,努力帮助科研人员开发能够用于治疗譬如癌症、HIV/AIDS 和疟疾等疾病的方法”。该项目由华盛顿大学的 The Baker Laboratory(贝克实验室)主持,项目将帮助实验室改进他们的 Rosetta 软件包,该软件包也用于其他项目,例如  Human Proteome Folding

  该项目使用 BOINC 计算平台。您可以通过 BOINC 平台介绍页面以获得 BOINC 客户端的最新版本信息。BOINC 客户端适用于 Windows、Linux 和 Mac OSX 系统。Windows 用户请注意:您的 BOINC 客户端将使用几百个小时来完成您的第一个任务包。一个任务包在一个现代的 CPU 上计算完成需要 15 个小时左右。 如果您准备计算更多的任务包, BOINC 客户端将更加精确的显示出具体的计算时间。项目官方将于下周推出一个优化过的 Windows 下的计算版本。

  欢迎您加入到项目论坛里参与讨论。您也可以查看项目进度
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发表于 2005-9-26 13:57:59 | 显示全部楼层
目前的计算程序在计算时间的统计上有严重问题,有兴趣的用户到下一个版本出来再试比较好。

补充说明:本问题在2005/09发布的4.76版本计算程序中已修复,大家可放心使用!

另外,这个主题是不是放在生物、医药版面比较好?

[ Last edited by Youth on 2005-10-15 at 23:04 ]
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 楼主| 发表于 2005-9-26 22:05:18 | 显示全部楼层
我在想是不是应该把 Folding@home 版本改个名字,比如说“蛋白质折叠类项目”等等,因为蛋白质折叠类项目目前已经有五个了,将其他四个放在生物医药版块恐怕会使生物医药版块太杂,是不是应该将 WCG 等等项目转到本版块来呢?
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发表于 2005-9-27 09:27:10 | 显示全部楼层
嗯,这样也可以,我只知道folding,predictor,rosetta都有这方面的研究内容,wcg不清楚
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发表于 2005-9-27 11:50:49 | 显示全部楼层
呵呵,什么时候参加各个项目的人数都足够多到各成版面就好了:)

rosetta和predictor内容比较相关,都是给定序列预测结构(而f@h关注的应该是从序列到结构的演变过程),在这个网页有所谓的双盲测试的比较结果:
http://www2.predictioncenter.org ... /cgi-bin/groups.cgi
综合来看,rosetta@home在这方面目前是做得最好的,当然,predictor也还算不错:)

[ Last edited by Youth on 2005-9-27 at 11:52 ]
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发表于 2005-9-27 12:08:23 | 显示全部楼层
f@h项目头头Vijay Pande对f@h和rosetta@home区别的回答:

"yes, their goals are fairly different than FAH. They both involve proteins, but Rosetta is interested in predicting structures, whereas FAH is interested in predicting whole folding pathways. The people behind Rosetta are great, so I have hope they will do something nice with Rosetta@home."
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发表于 2005-9-27 12:16:51 | 显示全部楼层
不好意思,前面说错了,目前的4.77版计算程序(上周末就已经发布)已经修复了之前的几个比较大的问题,欢迎大家试用~~

补充两篇官方论坛上的Q&A:

What IS the difference between Predictor@home and Rosetta@home?

Both projects are similar in that both are trying to improve methods for protein structure prediction. Rosetta@home includes protein design and prediction of complexes. Rosetta@home uses a software package called Rosetta, which has been proven to be one of the best methods out there for protein structure prediction in repeated CASP experiments (See our About page). Rosetta is also being used for the Human Proteome Folding Project, which is trying to predict folds for many proteins in the human genome. While they, in collaboration with us, are applying Rosetta to the human genome and other genomes like malaria (P falciparum), we are trying to conduct research to make it better. David Baker's work has been published in today's issue of Science. It is exciting work. Thank you for your interest in helping our and similar projects, like Predictor@home!!!

What is the difference between this project and other protein folding projects?

There are a number of distributed computing projects like this one, with the goal of predicting protein structures given an amino acid sequence. In fact, there is a very large effort that is using our software, Rosetta, as the core application (the Human Proteome Folding Project). All of the projects will benefit our understanding of protein folding and application to biology and medicine. Our project is similar to Predictor@home, in that we are trying to improve our methods by conducting research that is only possible with the computing power that a grid computing project can provide.

[ Last edited by Youth on 2005-10-7 at 09:42 ]
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发表于 2005-9-27 13:18:18 | 显示全部楼层
我觉得是WCG on Bonic
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发表于 2005-9-27 14:56:00 | 显示全部楼层
哦,我还一直以为wcg是和ud差不多的...:)

官方的另一篇答复:
Folding@home studies the process of folding using molecular dynamics. Distributed computing is allowing them to do simulations at time scales (milliseconds) that are not possible without thousands of computers. We, on the other hand, are doing protein fold predictions and design, including protein complexes. The WCG project is applying our Rosetta software to the human genome and other genomes, in collaboration with our group. We are trying to improve the software (focusing on research, development, and testing).
For example, what we learn through our project may help the WCG in their next phase for high-resolution structure prediction.
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 楼主| 发表于 2005-9-27 17:42:48 | 显示全部楼层
这几个项目间的区别可以参考这个帖子:“WCG和FAH有什么不同?”http://www.equn.com/forum/viewthread.php?tid=7988
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发表于 2005-9-27 19:47:55 | 显示全部楼层
我有个问题:WCG和UD什么关系?
看那个帖子里面的介绍,WCG也差不多也是从氨基酸序列预测蛋白质结构,而且WCG用的也就是叫Rosetta的计算程序,但是WCG和UD的用户界面是一样的,难道WCG只是用了UD的外壳?
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发表于 2005-9-27 19:53:39 | 显示全部楼层
这段时间在R@H的网站上看了很多,对这个项目及项目组人员感觉还不错,准备提升为我的第二主力项目了:)

R@H会定期地将用户计算出来的最好的结构发布在网站上(http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_top_predictions.php),而且相关的用户还有可能在出版物上被提及。


下面的图左边为计算出来的结构,右边为实际的结构:




[ Last edited by Youth on 2005-9-27 at 19:55 ]
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 楼主| 发表于 2005-9-27 20:02:12 | 显示全部楼层
引用 Youth 在 2005-9-27 19:47 时的帖子:
我有个问题:WCG和UD什么关系?

请浏览下面两个页面:
各类分布式计算的介绍 - 运行中的项目 - 生命科学
http://www.equn.com/distributed/ap-lsciences.html
各类分布式计算的介绍 - 分布式计算平台
http://www.equn.com/distributed/platforms.html
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 楼主| 发表于 2005-9-27 20:04:40 | 显示全部楼层
引用 Youth 在 2005-9-27 19:53 时的帖子:
这段时间在R@H的网站上看了很多,对这个项目及项目组人员感觉还不错,准备提升为我的第二主力项目了:)

您如果有兴趣,就建个中国小组(例如 RAH@China ...)吧,我们可以花大气力推广....
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发表于 2005-9-27 20:32:36 | 显示全部楼层
呵呵,已经建了个Rosetta@China,不过决定也跑跑看再说,毕竟现在还是beta阶段:)

补充说明:2005/10/06后Rosetta@home已经正式运行,不再是beta了。

[ Last edited by Youth on 2005-10-15 at 23:03 ]
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