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发表于 2007-4-23 11:53:47
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http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/hcmd/viewHcmdAgentFaq.do
界面左下角圈中的两个名字(例如1ATN_r_u和1HE1_r_u)是什么意思?
这是两个对接蛋白质分子的pdb(蛋白质数据库)编号。这类蛋白质通过了对接蛋白质基准测试,已知这些蛋白质参与了至少一种蛋白质复合物的构成并不重复的涵盖了大多数的蛋白质结构和功能。你可以用蛋白质编号的前4个字母作为访问链接的结尾来获得更多相关信息。
举例如下:
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1ATN
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1HE1
这两个蛋白质在图形窗口中的圆形区域中表示了出来,并用颜色进行区分。
下面是有关蛋白质基准测试的参考文献,里面有详细介绍。
J.Mintseris, K, Wiehe, B. Pierce, R. Anderson, R. Chen, J. Janin and Z.Weng, Protein-protein docking benchmark 2.0: An update, Proteins 20, 214 (2005)
http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/abstract/110548133/ABSTRACT
图形界面左上角的 Erelec和Etmin是什么意思?
对接过程的目的是要找到使两蛋白质形成蛋白质复合物的最佳方法(还要看两个蛋白质能否发生交互作用,“现实世界”中两者能否走到一起,比如在某个生物系统中)。蛋白质间的交互作用可以用相互作用能Etmin表示(以kcal/mol为单位)。 Erelec则是相互作用能中的静电部分,大小取决于蛋白质上的总电荷。Etmin的负值绝对值越大,蛋白质间的相互作用就越强。
下面的参考文献会给出关于计算两蛋白质间相互作用能的更多细节。
M. Zacharias, Protein-protein docking with a reduced protein model accounting for side-chain flexibility, Protein Science 12,1271 (2003) http://protsci.highwire.org/cgi/content/abstract/12/6/1271
current progress是什么意思?
电脑的计算能力将用来确定相互作用能最小化的最可能结构。”current progress”就是表示程序对对接位置的扫描进度。
[ 本帖最后由 第三类接触 于 2007-5-16 14:04 编辑 ] |
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